134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0335 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0335  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 182 aa  348  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19642 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  98.35 
 
 		 182 aa  343  7e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3503  2',5' RNA ligase  85.16 
 
 		 192 aa  264  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0308  2'-5' RNA ligase  86.03 
 
 		 191 aa  260  8.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2702  2',5' RNA ligase  87.36 
 
 		 194 aa  255  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0405  2'-5' RNA ligase  87.36 
 
 		 194 aa  255  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.523196  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0384  2'-5' RNA ligase  86.26 
 
 		 194 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.891424 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  56.25 
 
 		 186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  56.25 
 
 		 186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  56.25 
 
 		 186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  56.25 
 
 		 186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  56.25 
 
 		 186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  56.25 
 
 		 186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  56.25 
 
 		 186 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3011  2'-5' RNA ligase  54.55 
 
 		 184 aa  162  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  41.01 
 
 		 214 aa  105  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  33.89 
 
 		 186 aa  70.1  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  30.38 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  32.39 
 
 		 204 aa  64.3  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  33.87 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  32.78 
 
 		 177 aa  61.6  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  36.7 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  28.11 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  31.18 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  35.48 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 189 aa  58.5  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  36.13 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  35.48 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  34.62 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  33.76 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  34.88 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2364  hypothetical protein  31.02 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  30.56 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  33.15 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  35.43 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  31.4 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  34.04 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  34.44 
 
 		 178 aa  54.3  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  21.55 
 
 		 182 aa  54.3  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  34.01 
 
 		 178 aa  54.3  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  29.59 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  34.62 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  25.41 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  34.09 
 
 		 188 aa  52.4  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  42.11 
 
 		 182 aa  52.4  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  38.89 
 
 		 176 aa  52  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  22.63 
 
 		 194 aa  52  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  30.39 
 
 		 180 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  38.93 
 
 		 183 aa  51.2  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  25.74 
 
 		 186 aa  51.2  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  33.08 
 
 		 183 aa  50.8  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  34.44 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  33.77 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  21.08 
 
 		 183 aa  50.8  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  34.19 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 177 aa  50.4  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  30.71 
 
 		 184 aa  50.4  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  36.09 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  31.18 
 
 		 193 aa  50.1  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  34.21 
 
 		 186 aa  49.7  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  31.36 
 
 		 199 aa  49.7  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  33.58 
 
 		 188 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  34.55 
 
 		 182 aa  49.3  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  34.62 
 
 		 180 aa  48.9  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  32.59 
 
 		 188 aa  48.9  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  26.09 
 
 		 175 aa  48.5  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  33.11 
 
 		 173 aa  48.5  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  30.22 
 
 		 193 aa  48.5  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 		 189 aa  47.8  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  25.55 
 
 		 193 aa  47.8  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  26.57 
 
 		 193 aa  47.8  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  28.28 
 
 		 185 aa  47.4  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 177 aa  47.4  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  33.64 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  28.66 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  30.72 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  34.81 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  34.85 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  23.57 
 
 		 180 aa  46.6  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 181 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  31.72 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  37.27 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  31.3 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 199 aa  46.2  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5153  2'-5' RNA ligase  35.24 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198908  normal  0.46298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  31.3 
 
 		 197 aa  45.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  30.82 
 
 		 181 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  31.78 
 
 		 187 aa  45.4  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  19.19 
 
 		 182 aa  45.4  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2412  hypothetical protein  24.19 
 
 		 187 aa  45.4  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  33.59 
 
 		 196 aa  45.1  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  33.64 
 
 		 176 aa  45.1  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  26.81 
 
 		 173 aa  45.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>