279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1966 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 279 aa  528  1e-149  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  40 
 
 		 334 aa  172  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  34.29 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 294 aa  135  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  33.93 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 299 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 276 aa  132  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  29.46 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  29.5 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  29.63 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  29.26 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 313 aa  92  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 287 aa  89  8e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 283 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 280 aa  85.5  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  26.89 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 274 aa  82.8  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 303 aa  82  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  27.74 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 280 aa  77.4  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  26.54 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.9 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  24.3 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  28.89 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  24.5 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  25.86 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  28.2 
 
 		 285 aa  72.4  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  26.16 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.91 
 
 		 375 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  24.4 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.91 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  27.02 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  27.78 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  27.61 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  26.39 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  30.15 
 
 		 311 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  26.51 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  30.15 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  30.89 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  27.14 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 286 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>