More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1742 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 235 aa  472  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  41.01 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 222 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 244 aa  121  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  35.18 
 
 		 208 aa  110  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 263 aa  98.6  7e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 234 aa  95.5  6e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 219 aa  87  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  27.8 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  26.42 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  24.51 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.03 
 
 		 236 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.03 
 
 		 236 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 203 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  26.18 
 
 		 372 aa  68.6  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
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NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  55.56 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  55.56 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  57.41 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  37.21 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 229 aa  65.1  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
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NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.03 
 
 		 232 aa  63.2  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  53.7 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  36.23 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  53.7 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  23.67 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
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NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  51.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
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NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  48.44 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
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NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  46.15 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  51.72 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 272 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 272 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  28.84 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  49.09 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  43.9 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3751  putative transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0636766  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2515  transcriptional regulator, TetR family  50.79 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00143422  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 273 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 273 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 273 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 193 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1884  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.543413  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 196 aa  58.2  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3157  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  32.46 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 277 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 		 246 aa  56.6  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
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NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
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NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
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