More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1033 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 195 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  80.81 
 
 		 207 aa  322  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  63.3 
 
 		 209 aa  227  7e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  58 
 
 		 219 aa  221  7e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  57.87 
 
 		 219 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  59.56 
 
 		 221 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  57.45 
 
 		 206 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  57.81 
 
 		 194 aa  215  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 206 aa  211  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 206 aa  211  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  57.67 
 
 		 199 aa  206  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  56.28 
 
 		 192 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  55.87 
 
 		 195 aa  195  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  55.62 
 
 		 195 aa  193  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  55.62 
 
 		 195 aa  193  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  54.45 
 
 		 193 aa  193  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  55.62 
 
 		 195 aa  193  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  55.62 
 
 		 195 aa  193  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  55.31 
 
 		 195 aa  192  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  55.06 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  56.55 
 
 		 193 aa  168  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 197 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  45.03 
 
 		 194 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  42.78 
 
 		 189 aa  151  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  43.41 
 
 		 188 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 189 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  44.51 
 
 		 187 aa  132  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.18 
 
 		 188 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 		 194 aa  127  8.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 191 aa  119  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  40.66 
 
 		 183 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  39.78 
 
 		 183 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  42.13 
 
 		 198 aa  115  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  38.59 
 
 		 189 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 188 aa  108  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  36.31 
 
 		 194 aa  106  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  34.59 
 
 		 190 aa  104  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 203 aa  102  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 190 aa  99.4  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 189 aa  99  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 189 aa  97.4  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 195 aa  96.7  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  32.46 
 
 		 215 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 183 aa  89.4  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 185 aa  89.4  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 185 aa  89  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 185 aa  89  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 185 aa  89  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 185 aa  88.6  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  32.64 
 
 		 188 aa  89  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 202 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 188 aa  87.8  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  30.68 
 
 		 183 aa  86.3  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 191 aa  85.5  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  31.89 
 
 		 191 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 185 aa  85.1  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  32.04 
 
 		 185 aa  85.1  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 187 aa  85.1  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 191 aa  84.7  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 185 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  30.39 
 
 		 185 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  29.02 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 192 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  31.31 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  27.62 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  30.48 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.52 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  32.79 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 183 aa  75.5  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 201 aa  72  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 203 aa  72  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 203 aa  72  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 204 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 203 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  71.2  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 203 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 203 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 181 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>