More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0003 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 396 aa  785    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  74.81 
 
 		 388 aa  571  1.0000000000000001e-162  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  68.09 
 
 		 398 aa  542  1e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  69.57 
 
 		 398 aa  534  1e-151  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  69.57 
 
 		 398 aa  533  1e-150  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  69.57 
 
 		 398 aa  533  1e-150  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  66.08 
 
 		 402 aa  522  1e-147  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  67.96 
 
 		 398 aa  520  1e-146  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  61.07 
 
 		 378 aa  447  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.98 
 
 		 408 aa  420  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  58.78 
 
 		 379 aa  411  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.75 
 
 		 375 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.24 
 
 		 386 aa  390  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.26 
 
 		 408 aa  375  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.27 
 
 		 396 aa  369  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.92 
 
 		 379 aa  364  1e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.87 
 
 		 380 aa  354  1e-96  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.63 
 
 		 402 aa  355  1e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  49.35 
 
 		 379 aa  355  1e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.86 
 
 		 387 aa  352  1e-95  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  47.15 
 
 		 376 aa  348  8e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.74 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.93 
 
 		 376 aa  343  2e-93  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.67 
 
 		 378 aa  343  2.9999999999999997e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.29 
 
 		 374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.51 
 
 		 374 aa  340  4e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.12 
 
 		 386 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.1 
 
 		 377 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.34 
 
 		 376 aa  336  3.9999999999999995e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.1 
 
 		 377 aa  335  7e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.27 
 
 		 377 aa  332  6e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  44.99 
 
 		 379 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  43.3 
 
 		 378 aa  327  3e-88  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  44.42 
 
 		 374 aa  324  2e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.83 
 
 		 383 aa  322  9.999999999999999e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  44.3 
 
 		 374 aa  321  1.9999999999999998e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  44.94 
 
 		 365 aa  318  7.999999999999999e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.89 
 
 		 380 aa  317  2e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  43.77 
 
 		 384 aa  305  8.000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  42.71 
 
 		 364 aa  277  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  37.4 
 
 		 374 aa  252  7e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  35.06 
 
 		 374 aa  249  4e-65  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  36.88 
 
 		 433 aa  234  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  42.17 
 
 		 404 aa  226  4e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.67 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.11 
 
 		 365 aa  194  3e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.26 
 
 		 365 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.23 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.54 
 
 		 369 aa  182  9.000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.6 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.1 
 
 		 385 aa  174  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.03 
 
 		 385 aa  171  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.38 
 
 		 365 aa  169  6e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.78 
 
 		 385 aa  166  9e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.34 
 
 		 366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.34 
 
 		 366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.9 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.73 
 
 		 378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.88 
 
 		 385 aa  162  1e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.15 
 
 		 388 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.8 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  27.11 
 
 		 366 aa  159  6e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  26.85 
 
 		 366 aa  159  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.4 
 
 		 385 aa  157  2e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.63 
 
 		 380 aa  157  3e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.57 
 
 		 378 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  29.16 
 
 		 378 aa  156  6e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  28.9 
 
 		 374 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  28.81 
 
 		 393 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.3 
 
 		 378 aa  155  9e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  28.81 
 
 		 393 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 378 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.11 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.64 
 
 		 376 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.45 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  26.12 
 
 		 376 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  34.51 
 
 		 365 aa  155  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 378 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.77 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.73 
 
 		 374 aa  154  4e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  26.82 
 
 		 377 aa  153  5.9999999999999996e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  26.29 
 
 		 375 aa  152  1e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  26.63 
 
 		 376 aa  151  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  28.18 
 
 		 377 aa  150  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  27.11 
 
 		 381 aa  149  7e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.55 
 
 		 370 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  25.87 
 
 		 376 aa  149  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  0.0000491978 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.68 
 
 		 377 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.34 
 
 		 373 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.68 
 
 		 377 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  25.37 
 
 		 376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  25.37 
 
 		 376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000810658  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.28 
 
 		 366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00540998  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  25.37 
 
 		 376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.88 
 
 		 376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 		 367 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  25.87 
 
 		 376 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  24.3 
 
 		 366 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>