More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3592 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 373 aa  735    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  60.27 
 
 		 370 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  60 
 
 		 370 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  57.84 
 
 		 373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  59.03 
 
 		 374 aa  401  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  56.72 
 
 		 381 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  52.55 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  41.93 
 
 		 387 aa  263  3e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  42.63 
 
 		 374 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  47.16 
 
 		 346 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  47.79 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  44.33 
 
 		 346 aa  206  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  46.52 
 
 		 351 aa  206  7e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  48.61 
 
 		 346 aa  205  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  37.53 
 
 		 364 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  36.67 
 
 		 343 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  50.83 
 
 		 322 aa  190  4e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  44.18 
 
 		 363 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.21 
 
 		 349 aa  189  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  39.94 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  35.73 
 
 		 341 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  39.94 
 
 		 360 aa  185  9e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  36.27 
 
 		 372 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  38.49 
 
 		 346 aa  185  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  46.07 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  46.18 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.6 
 
 		 334 aa  179  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  41.28 
 
 		 347 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  40.75 
 
 		 348 aa  176  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  37.07 
 
 		 341 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  45.14 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  40.98 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  39.21 
 
 		 354 aa  164  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  34.5 
 
 		 360 aa  159  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  34.5 
 
 		 360 aa  159  7e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  39.32 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  30.03 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.22 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  36.33 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  42.36 
 
 		 350 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.72 
 
 		 318 aa  118  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  41.58 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.54 
 
 		 335 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.86 
 
 		 328 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  40.51 
 
 		 328 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  36.3 
 
 		 321 aa  109  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  38.43 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.39 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.37 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  38.72 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.82 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  40.17 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.51 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.87 
 
 		 334 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  40.38 
 
 		 328 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  38.97 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  38.97 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  34.5 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  39.91 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  37.11 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  40.82 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  40 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.1 
 
 		 354 aa  100  6e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.99 
 
 		 351 aa  99.8  7e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.28 
 
 		 363 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.93 
 
 		 326 aa  98.2  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.9 
 
 		 363 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  27.31 
 
 		 390 aa  97.8  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.45 
 
 		 323 aa  97.8  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.86 
 
 		 327 aa  97.4  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  30.05 
 
 		 296 aa  96.7  7e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0819  DNA polymerase III, subunit, putative  29.87 
 
 		 273 aa  96.3  8e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.746566  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.2 
 
 		 737 aa  96.3  8e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.44 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.5 
 
 		 331 aa  94  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  38.01 
 
 		 319 aa  94  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  34.12 
 
 		 304 aa  92.8  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  24.19 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  40 
 
 		 347 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.21 
 
 		 370 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  27.39 
 
 		 389 aa  91.7  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  30.59 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.2 
 
 		 351 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.96 
 
 		 320 aa  91.3  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  26 
 
 		 389 aa  90.9  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.76 
 
 		 327 aa  90.9  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.52 
 
 		 323 aa  90.9  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.79 
 
 		 358 aa  90.5  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  32.83 
 
 		 343 aa  89.7  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  36.56 
 
 		 300 aa  89.7  8e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2534  DNA-directed DNA polymerase  31.03 
 
 		 614 aa  89.4  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1549  DNA polymerase III subunit delta'  29.79 
 
 		 319 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1573  DNA polymerase III subunit delta'  29.79 
 
 		 319 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0332  DNA polymerase III subunit delta'  31.71 
 
 		 337 aa  89.4  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1189  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.87 
 
 		 366 aa  88.6  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  34.08 
 
 		 318 aa  88.6  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.63 
 
 		 347 aa  87.8  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.93 
 
 		 589 aa  87.8  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  28.49 
 
 		 326 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26481  DNA polymerase III subunit delta'  34.42 
 
 		 326 aa  87.4  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.937616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>