282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0003 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  100 
 
 		 357 aa  719    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  60.28 
 
 		 375 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  63.56 
 
 		 363 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  63.28 
 
 		 368 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  63.28 
 
 		 363 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  56.07 
 
 		 361 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  59.94 
 
 		 358 aa  390  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  51.25 
 
 		 412 aa  316  4e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  46.8 
 
 		 374 aa  278  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  46.37 
 
 		 374 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  45.21 
 
 		 374 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  46.43 
 
 		 391 aa  262  6.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  45.53 
 
 		 409 aa  258  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  46.81 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  46.81 
 
 		 384 aa  256  4e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  45.71 
 
 		 387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  44.9 
 
 		 385 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.18 
 
 		 384 aa  252  7e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  44.08 
 
 		 385 aa  249  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.08 
 
 		 382 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  45.24 
 
 		 369 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  46.75 
 
 		 356 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.33 
 
 		 382 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  42.9 
 
 		 398 aa  241  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  41.16 
 
 		 378 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  40.38 
 
 		 385 aa  238  9e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  40.44 
 
 		 379 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  43.06 
 
 		 384 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  40.33 
 
 		 378 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  40.86 
 
 		 378 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  42.32 
 
 		 375 aa  230  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  42.62 
 
 		 384 aa  229  7e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  40.82 
 
 		 378 aa  228  2e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  40.45 
 
 		 379 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  42.53 
 
 		 357 aa  223  6e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  42.52 
 
 		 392 aa  222  8e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  40.77 
 
 		 379 aa  220  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  40.73 
 
 		 378 aa  209  5e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  41.23 
 
 		 403 aa  197  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  34.94 
 
 		 372 aa  186  4e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  34.94 
 
 		 372 aa  181  1e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  31.55 
 
 		 365 aa  179  8e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  39.01 
 
 		 373 aa  176  6e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  36.65 
 
 		 379 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.08 
 
 		 376 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.29 
 
 		 370 aa  123  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  31.71 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  28.41 
 
 		 369 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  29.68 
 
 		 365 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.32 
 
 		 365 aa  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.32 
 
 		 386 aa  109  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  27.58 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  28.3 
 
 		 392 aa  104  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  26.19 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  26.67 
 
 		 375 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  26.67 
 
 		 375 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  26.67 
 
 		 375 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  27.19 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  26.67 
 
 		 375 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  26.19 
 
 		 357 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.69 
 
 		 372 aa  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  26.67 
 
 		 375 aa  103  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.24 
 
 		 362 aa  102  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000176519  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  25 
 
 		 359 aa  102  8e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  27.83 
 
 		 364 aa  102  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  24.63 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  26.67 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.23 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  27.76 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 399 aa  102  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  29.49 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  26.38 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  26.38 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  26.38 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  27.41 
 
 		 373 aa  101  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  26.73 
 
 		 373 aa  101  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  29.31 
 
 		 375 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.62 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  33.7 
 
 		 380 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.45 
 
 		 377 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  33.7 
 
 		 380 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  33.7 
 
 		 380 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  29.15 
 
 		 368 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  26.51 
 
 		 375 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.96 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  26.87 
 
 		 359 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  25.73 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  21.18 
 
 		 362 aa  97.8  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  27.6 
 
 		 368 aa  97.4  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.47 
 
 		 372 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  23.98 
 
 		 362 aa  97.4  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.41 
 
 		 360 aa  97.1  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  26.27 
 
 		 368 aa  97.1  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  30.6 
 
 		 390 aa  97.4  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  32.11 
 
 		 386 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  27.22 
 
 		 360 aa  96.7  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  26.57 
 
 		 357 aa  96.7  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  30.63 
 
 		 349 aa  96.3  6e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  28.81 
 
 		 401 aa  96.3  8e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  25.96 
 
 		 364 aa  95.1  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>