More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1100 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  100 
 
 		 922 aa  1889    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  82.42 
 
 		 925 aa  1540    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  31.42 
 
 		 890 aa  394  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 890 aa  391  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  31.5 
 
 		 890 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001855  outer membrane receptor protein  32.08 
 
 		 866 aa  361  4e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  29.88 
 
 		 899 aa  355  2.9999999999999997e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  30.46 
 
 		 893 aa  348  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  30.43 
 
 		 896 aa  341  2.9999999999999998e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  29.14 
 
 		 895 aa  337  5e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0739  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 912 aa  318  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0580341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 872 aa  312  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 875 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1120  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 942 aa  297  7e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264761 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 867 aa  293  8e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 867 aa  290  7e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 867 aa  290  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 867 aa  290  1e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 924 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 924 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 924 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 891 aa  283  9e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 896 aa  280  8e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 882 aa  280  1e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 		 866 aa  279  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 869 aa  278  3e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 882 aa  278  4e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 852 aa  277  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37900  putative TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 846 aa  276  9e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00691809  normal  0.333573 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2353  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 908 aa  276  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.880322  normal  0.439021 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 909 aa  273  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 861 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 861 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 855 aa  271  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 861 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 861 aa  271  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 800 aa  271  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 861 aa  270  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 		 861 aa  267  8.999999999999999e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 909 aa  266  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  28.19 
 
 		 827 aa  264  6e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3124  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 973 aa  262  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308275 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 849 aa  262  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1769  TonB-dependent receptor  29.23 
 
 		 985 aa  261  4e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.372996 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 871 aa  260  8e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 944 aa  258  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 935 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 935 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 935 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 937 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 		 847 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 951 aa  253  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 950 aa  252  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 853 aa  252  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 869 aa  251  6e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 930 aa  250  9e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 930 aa  250  9e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 930 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 879 aa  248  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 966 aa  244  6e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  27.05 
 
 		 936 aa  242  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  27.44 
 
 		 853 aa  243  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  27.44 
 
 		 853 aa  243  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  27.54 
 
 		 853 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  26.9 
 
 		 966 aa  240  9e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 965 aa  240  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 957 aa  238  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 873 aa  237  7e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  27.26 
 
 		 853 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2871  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 935 aa  236  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 910 aa  235  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  27.33 
 
 		 839 aa  232  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 966 aa  232  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 873 aa  232  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 841 aa  231  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 843 aa  230  9e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 951 aa  228  4e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 935 aa  227  8e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 981 aa  224  4.9999999999999996e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  26.67 
 
 		 834 aa  224  7e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 836 aa  222  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 952 aa  221  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 953 aa  219  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 874 aa  219  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 904 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  28.76 
 
 		 709 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  24.85 
 
 		 974 aa  214  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 946 aa  213  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 904 aa  210  9e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1726  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 941 aa  210  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0257056  normal  0.0675197 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6367  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 941 aa  210  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355327  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1711  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 941 aa  210  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4698  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 893 aa  209  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.644067 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 904 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 944 aa  209  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 947 aa  208  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 944 aa  208  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 904 aa  207  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 897 aa  206  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 817 aa  204  7e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>