106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0590 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0590  porin  100 
 
 
354 aa  707  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  79.72 
 
 
352 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  79.15 
 
 
354 aa  566  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  75.21 
 
 
354 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  74.65 
 
 
354 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  74.65 
 
 
354 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  74.65 
 
 
354 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  68.45 
 
 
354 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  5.40368e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  68.17 
 
 
354 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  67.89 
 
 
354 aa  506  1e-142  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.94692e-05  decreased coverage  3.62774e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  63.31 
 
 
355 aa  471  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  58.31 
 
 
342 aa  399  1e-110  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  58.43 
 
 
344 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  56.63 
 
 
342 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  57.18 
 
 
347 aa  377  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  56.75 
 
 
348 aa  376  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  56.08 
 
 
346 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.29455e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  54.81 
 
 
361 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  54.28 
 
 
365 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.36075e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  53.8 
 
 
342 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  53.55 
 
 
353 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  54.89 
 
 
354 aa  362  4e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.55579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  54.89 
 
 
354 aa  362  4e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.9607e-08  unclonable  3.54557e-12 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  54.62 
 
 
356 aa  360  3e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  54.5 
 
 
353 aa  357  2e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  53.17 
 
 
369 aa  354  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  53.66 
 
 
359 aa  351  1e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  50.45 
 
 
338 aa  333  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  49.05 
 
 
347 aa  320  2e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  49.05 
 
 
372 aa  320  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  46.5 
 
 
351 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  40.56 
 
 
346 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  40.99 
 
 
346 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  40.4 
 
 
349 aa  217  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  36.49 
 
 
345 aa  205  8e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  36.58 
 
 
351 aa  192  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  34.68 
 
 
342 aa  182  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  28.98 
 
 
314 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  30.89 
 
 
317 aa  132  1e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  30.07 
 
 
308 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  31.6 
 
 
314 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  26.89 
 
 
340 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  31.27 
 
 
314 aa  120  4e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  31.27 
 
 
314 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  31.55 
 
 
314 aa  117  2e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  30.21 
 
 
316 aa  117  2e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  31.55 
 
 
313 aa  117  2e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  31.55 
 
 
314 aa  117  2e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  32.14 
 
 
314 aa  117  2e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  29.39 
 
 
316 aa  117  2e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  29.17 
 
 
314 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  28.4 
 
 
315 aa  111  2e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  29.39 
 
 
321 aa  110  4e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  28.99 
 
 
316 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  29.83 
 
 
362 aa  87.4  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  2.07768e-05  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  26.41 
 
 
302 aa  84  3e-15  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  26.41 
 
 
345 aa  84  4e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.37994e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  29.58 
 
 
339 aa  81.3  2e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  6.3685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.29 
 
 
367 aa  78.6  2e-13  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  8.64013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  26.95 
 
 
357 aa  75.9  1e-12  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  25.79 
 
 
342 aa  65.9  1e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  25.77 
 
 
363 aa  63.2  6e-09  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.74529e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  30.77 
 
 
361 aa  60.8  3e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  5.0808e-06  unclonable  8.17359e-05 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.04 
 
 
366 aa  60.8  4e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  23.42 
 
 
371 aa  55.8  1e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  24.07 
 
 
374 aa  55.1  2e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  28.06 
 
 
365 aa  52.8  9e-06  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  8.69717e-14  unclonable  1.25637e-06 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  31.67 
 
 
384 aa  51.6  2e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  22.77 
 
 
327 aa  51.2  3e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  25.58 
 
 
361 aa  50.1  5e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  24.8 
 
 
349 aa  50.1  6e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  25.23 
 
 
326 aa  49.3  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  24.86 
 
 
350 aa  49.3  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  40.79 
 
 
376 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  29.41 
 
 
383 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  24 
 
 
385 aa  47.4  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  30.95 
 
 
386 aa  46.6  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  23.43 
 
 
394 aa  46.2  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  25.86 
 
 
344 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  25.75 
 
 
386 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  25.75 
 
 
386 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  24.2 
 
 
329 aa  45.8  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  30.16 
 
 
386 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  25.75 
 
 
386 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  23.1 
 
 
336 aa  45.1  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  24.8 
 
 
338 aa  45.1  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  29.5 
 
 
311 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  25.62 
 
 
380 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  25.75 
 
 
386 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  29.17 
 
 
383 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03408  hypothetical protein  25.46 
 
 
337 aa  44.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  26.12 
 
 
387 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  24.23 
 
 
394 aa  44.3  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  34.13 
 
 
380 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  24.12 
 
 
385 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  24.63 
 
 
385 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  24.57 
 
 
385 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  24.63 
 
 
385 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  24.86 
 
 
369 aa  43.5  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  23.85 
 
 
385 aa  43.5  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>