More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3888 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 206 aa  425  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  43.3 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  43.3 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  42.27 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  50.75 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 235 aa  62  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  40.28 
 
 		 220 aa  62  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 236 aa  62  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  52.73 
 
 		 211 aa  62  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  25.23 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  28.24 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 175 aa  58.5  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  39.73 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 223 aa  58.2  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1256  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000259056 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 189 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  30.77 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0538  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2551  regulatory protein TetR  40.58 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  43.64 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  25.74 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1176  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1100  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.96 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  36.96 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  39.34 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  36.96 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  36.96 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  36.96 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  36.96 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0658  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2387  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1771  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0807  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  44.44 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 221 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 215 aa  54.7  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>