More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1313 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  420  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 207 aa  305  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  70.2 
 
 		 210 aa  292  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 205 aa  276  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  62.19 
 
 		 226 aa  271  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 206 aa  267  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  63.37 
 
 		 209 aa  266  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 206 aa  266  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 206 aa  265  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  63.86 
 
 		 216 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 206 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  63.37 
 
 		 208 aa  249  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  63.05 
 
 		 216 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  64.47 
 
 		 206 aa  248  4e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  62.87 
 
 		 216 aa  247  9e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  60.64 
 
 		 188 aa  244  8e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  40.57 
 
 		 224 aa  118  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  38.27 
 
 		 212 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 212 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 211 aa  105  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 213 aa  99  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 213 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 213 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 237 aa  95.9  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 209 aa  92.4  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 207 aa  92  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 207 aa  92  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 208 aa  91.7  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  34.87 
 
 		 222 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 234 aa  89  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  31.77 
 
 		 217 aa  89  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 209 aa  88.6  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  33.56 
 
 		 220 aa  86.7  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 257 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 213 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 215 aa  85.5  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 216 aa  85.1  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 		 214 aa  84.7  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  28.08 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  29.93 
 
 		 209 aa  82  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 220 aa  81.6  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.58 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  27.64 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  28.43 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  31.58 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 220 aa  78.2  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 208 aa  77.8  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1945  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 208 aa  75.5  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  33.08 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  33.08 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  27.78 
 
 		 234 aa  74.7  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 216 aa  72  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007760  Adeh_2875  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 224 aa  71.2  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
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NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  27.01 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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