More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_4123 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 313 aa  638    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  640    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  99.04 
 
 		 313 aa  633    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  97.76 
 
 		 313 aa  627  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  92.97 
 
 		 313 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  91.91 
 
 		 311 aa  588  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 311 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  90.94 
 
 		 311 aa  583  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  94.59 
 
 		 243 aa  427  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 310 aa  421  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  67.54 
 
 		 335 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 314 aa  408  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  65.13 
 
 		 306 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 320 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 323 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 323 aa  255  6e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 327 aa  255  9e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  42.22 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  44.27 
 
 		 323 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 322 aa  250  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 318 aa  249  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 323 aa  249  6e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 323 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 319 aa  246  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 321 aa  246  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  40.89 
 
 		 327 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  44.7 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  41.77 
 
 		 326 aa  235  8e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  38.35 
 
 		 285 aa  202  8e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06876  transcriptional regulator  49.07 
 
 		 160 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.02 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  30.89 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 333 aa  159  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.7 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.15 
 
 		 313 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  31.63 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.06 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  31.06 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.06 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.06 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.06 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.06 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.48 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.38 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.72 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 315 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.99 
 
 		 319 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.32 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30.72 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 333 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.57 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  33.76 
 
 		 322 aa  143  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.99 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.99 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.99 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.99 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.25 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  30.46 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 318 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>