More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0582 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 709 aa  1452    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  40.3 
 
 		 816 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  40.78 
 
 		 813 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  40.44 
 
 		 843 aa  508  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  39.91 
 
 		 812 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  40 
 
 		 839 aa  502  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  38.04 
 
 		 849 aa  452  1.0000000000000001e-126  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 738 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 697 aa  266  8.999999999999999e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  27.15 
 
 		 745 aa  253  6e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  26.98 
 
 		 745 aa  253  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  27.02 
 
 		 745 aa  251  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 758 aa  249  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  26.75 
 
 		 755 aa  243  9e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  27.32 
 
 		 726 aa  240  5.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  28.34 
 
 		 723 aa  240  6.999999999999999e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  27.32 
 
 		 726 aa  239  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  27.32 
 
 		 726 aa  238  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 751 aa  237  7e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  26.93 
 
 		 733 aa  233  7.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  27.19 
 
 		 732 aa  232  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  26.98 
 
 		 732 aa  231  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  26.32 
 
 		 746 aa  225  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 718 aa  225  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 710 aa  225  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  26.98 
 
 		 817 aa  225  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 698 aa  223  9e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 716 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 725 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 725 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  26.7 
 
 		 808 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 725 aa  221  5e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 725 aa  219  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 723 aa  217  5e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 764 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 700 aa  213  9e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  27.34 
 
 		 717 aa  213  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 742 aa  211  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  26.09 
 
 		 713 aa  210  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 701 aa  210  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 701 aa  209  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  26.33 
 
 		 808 aa  208  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 721 aa  206  9e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  26.25 
 
 		 723 aa  206  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  25.98 
 
 		 714 aa  206  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  26.82 
 
 		 783 aa  205  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 809 aa  203  9e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 723 aa  203  9e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 723 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 723 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  26.62 
 
 		 713 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  26.68 
 
 		 721 aa  198  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 704 aa  196  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  27.82 
 
 		 771 aa  195  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 817 aa  189  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 716 aa  177  6e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  25.47 
 
 		 724 aa  173  9e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 739 aa  171  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  25.9 
 
 		 704 aa  166  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 728 aa  153  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  28.53 
 
 		 332 aa  127  7e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  21.39 
 
 		 753 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 699 aa  72  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.55 
 
 		 728 aa  69.7  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4967  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 698 aa  69.7  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.655024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1673  receptor, putative  28.04 
 
 		 639 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.193509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  24.51 
 
 		 646 aa  68.6  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 670 aa  68.6  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  23.98 
 
 		 705 aa  65.9  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.28 
 
 		 647 aa  65.9  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  30.73 
 
 		 613 aa  64.7  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  31.71 
 
 		 650 aa  64.7  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  31.71 
 
 		 650 aa  64.7  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  31.71 
 
 		 650 aa  64.7  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  31.71 
 
 		 650 aa  64.3  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  31.71 
 
 		 650 aa  64.3  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  31.41 
 
 		 663 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  31.41 
 
 		 663 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  31.41 
 
 		 663 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  31.41 
 
 		 663 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  31.41 
 
 		 663 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  31.41 
 
 		 663 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 624 aa  63.9  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  31.41 
 
 		 659 aa  63.9  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 700 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6321  TonB-dependent receptor plug  21.77 
 
 		 732 aa  62.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  23.17 
 
 		 706 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  31.16 
 
 		 677 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 700 aa  62  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 613 aa  62  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  23.03 
 
 		 721 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 700 aa  62  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  23.03 
 
 		 706 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 		 642 aa  62  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  26.24 
 
 		 639 aa  62  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  31.4 
 
 		 727 aa  61.6  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 700 aa  62  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  31.51 
 
 		 593 aa  61.6  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 657 aa  61.2  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 		 700 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>