More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1673 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1138  TonB-dependent receptor plug  63.32 
 
 		 652 aa  837    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1673  receptor, putative  100 
 
 		 639 aa  1311    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.193509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  25.37 
 
 		 618 aa  111  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 649 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  25.04 
 
 		 653 aa  108  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  25.75 
 
 		 617 aa  107  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  24.58 
 
 		 639 aa  106  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  24.71 
 
 		 663 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  24.92 
 
 		 622 aa  104  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  24.41 
 
 		 666 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  24.48 
 
 		 652 aa  103  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 626 aa  102  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 626 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.99 
 
 		 666 aa  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.78 
 
 		 666 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  23.78 
 
 		 666 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 647 aa  101  4e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  23.78 
 
 		 666 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  24.8 
 
 		 634 aa  100  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  24.85 
 
 		 663 aa  99.8  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  24.55 
 
 		 617 aa  100  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  22.74 
 
 		 706 aa  99.4  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 634 aa  97.8  5e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 602 aa  97.8  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 681 aa  97.4  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25.4 
 
 		 628 aa  97.4  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.21 
 
 		 616 aa  97.1  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 593 aa  96.7  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 743 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0570  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  24.45 
 
 		 675 aa  94.7  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 652 aa  92  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  24.01 
 
 		 647 aa  89  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  24.22 
 
 		 655 aa  88.6  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  22.2 
 
 		 699 aa  89  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1548  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 726 aa  88.6  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 624 aa  88.6  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1928  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 676 aa  88.2  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00435524  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  23.93 
 
 		 671 aa  88.6  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 679 aa  88.2  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  23.37 
 
 		 613 aa  87.8  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.74 
 
 		 653 aa  87.4  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.23 
 
 		 614 aa  87.4  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  21.7 
 
 		 702 aa  87.4  8e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 617 aa  87  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 688 aa  86.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  21.98 
 
 		 656 aa  86.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 698 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  22.42 
 
 		 665 aa  85.5  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  23.06 
 
 		 650 aa  84.7  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 665 aa  84.3  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  22.33 
 
 		 602 aa  84  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  23.06 
 
 		 650 aa  83.6  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  23.23 
 
 		 650 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 648 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  22.89 
 
 		 650 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 658 aa  82.4  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  22.45 
 
 		 640 aa  82.8  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 709 aa  82.4  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 670 aa  82.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  32.66 
 
 		 634 aa  82.8  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 1128 aa  82.4  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  24.69 
 
 		 732 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  22.12 
 
 		 659 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 637 aa  81.6  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  22.74 
 
 		 650 aa  80.9  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 726 aa  80.9  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  23.39 
 
 		 661 aa  80.9  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 648 aa  80.9  0.00000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 616 aa  80.5  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  21.98 
 
 		 663 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  21.98 
 
 		 663 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  24.69 
 
 		 641 aa  79.7  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  22.22 
 
 		 615 aa  80.1  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  21.82 
 
 		 663 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  21.7 
 
 		 641 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 680 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  21.82 
 
 		 663 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  21.82 
 
 		 663 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  30.54 
 
 		 638 aa  79  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  22.99 
 
 		 673 aa  79  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 679 aa  79  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 624 aa  78.2  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 657 aa  78.2  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  21.2 
 
 		 653 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  31.17 
 
 		 628 aa  77.8  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  21.25 
 
 		 635 aa  77.8  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  21.66 
 
 		 663 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  24.54 
 
 		 646 aa  77.4  0.0000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 642 aa  77  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 651 aa  77  0.0000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 891 aa  77  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  23.85 
 
 		 739 aa  76.3  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0028  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 		 641 aa  76.6  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 653 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  24.55 
 
 		 639 aa  76.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 661 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  23.45 
 
 		 611 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 662 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 751 aa  75.1  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  24.89 
 
 		 673 aa  74.7  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>