More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1723 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  98.86 
 
 		 700 aa  1431    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  99.29 
 
 		 700 aa  1436    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  53.61 
 
 		 709 aa  744    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  84.99 
 
 		 706 aa  1268    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  76.77 
 
 		 728 aa  1142    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  98.86 
 
 		 700 aa  1431    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  68.64 
 
 		 715 aa  1013    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  84.84 
 
 		 706 aa  1266    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  84.84 
 
 		 721 aa  1267    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  84.84 
 
 		 706 aa  1267    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  98.29 
 
 		 700 aa  1424    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  98.43 
 
 		 700 aa  1430    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  99.71 
 
 		 700 aa  1441    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  84.7 
 
 		 706 aa  1265    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  98.43 
 
 		 700 aa  1430    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  98.43 
 
 		 700 aa  1425    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 700 aa  1445    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  42.67 
 
 		 720 aa  532  1e-150  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  43.32 
 
 		 694 aa  532  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  40.5 
 
 		 726 aa  519  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  41.74 
 
 		 712 aa  511  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  41.65 
 
 		 742 aa  503  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  43.48 
 
 		 697 aa  500  1e-140  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  38.84 
 
 		 736 aa  475  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  41.45 
 
 		 731 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  39.94 
 
 		 710 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  39.75 
 
 		 706 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  38.58 
 
 		 681 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  39.76 
 
 		 743 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  38.69 
 
 		 705 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  36.03 
 
 		 701 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  37.04 
 
 		 706 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  39.06 
 
 		 723 aa  432  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  38.07 
 
 		 723 aa  412  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 		 675 aa  351  3e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  32.77 
 
 		 688 aa  348  3e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  32.49 
 
 		 691 aa  298  2e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 678 aa  287  5e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 705 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 680 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  25.58 
 
 		 701 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  26.38 
 
 		 727 aa  165  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 696 aa  164  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 742 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 734 aa  160  8e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 736 aa  158  4e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 737 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 770 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 726 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  23.55 
 
 		 703 aa  142  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  26.5 
 
 		 797 aa  139  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 698 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 700 aa  136  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 791 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 791 aa  134  5e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 681 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 776 aa  130  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 776 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 780 aa  128  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 681 aa  127  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 730 aa  127  7e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 774 aa  126  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 682 aa  123  9e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 678 aa  123  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  22.22 
 
 		 690 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 711 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  22.45 
 
 		 757 aa  120  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 778 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  21.4 
 
 		 762 aa  118  3e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.14 
 
 		 712 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 656 aa  116  2.0000000000000002e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 700 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 692 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  24 
 
 		 659 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  25.89 
 
 		 774 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  25.9 
 
 		 809 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  26.06 
 
 		 774 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 769 aa  112  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  23.9 
 
 		 782 aa  110  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  21.64 
 
 		 785 aa  110  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 787 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  24.56 
 
 		 782 aa  109  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  25.11 
 
 		 653 aa  109  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 733 aa  109  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  25.49 
 
 		 809 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  24.53 
 
 		 653 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 705 aa  108  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.02 
 
 		 653 aa  108  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 653 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 680 aa  108  5e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 652 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  21.89 
 
 		 688 aa  107  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  24.5 
 
 		 653 aa  107  8e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  25.49 
 
 		 809 aa  107  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01870  putative TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 795 aa  107  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.554245 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  26.58 
 
 		 687 aa  106  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  25.49 
 
 		 809 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 715 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 706 aa  105  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 713 aa  105  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>