125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0004 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0004  type II DNA modification methyltransferase  100 
 
 		 570 aa  1175    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.606152  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  29.37 
 
 		 416 aa  123  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2540  hypothetical protein  25.43 
 
 		 1612 aa  96.3  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.316751  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2547  type IIS restriction endonuclease, putative  26.77 
 
 		 1076 aa  95.5  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00176401  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  22.84 
 
 		 995 aa  85.5  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  23.37 
 
 		 493 aa  84.3  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  25.74 
 
 		 1036 aa  80.1  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  23.95 
 
 		 1426 aa  79.7  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1723  hypothetical protein  25 
 
 		 1299 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000525658  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04295  Type II restriction enzyme, methylase subunit  22.72 
 
 		 1020 aa  75.5  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0031  type II restriction-modification enzyme  25.59 
 
 		 1257 aa  73.2  0.00000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1909  hypothetical protein  21.66 
 
 		 557 aa  72.4  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00461375  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2149  restriction endonuclease  21.64 
 
 		 629 aa  72.4  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1423  hypothetical protein  24.83 
 
 		 1177 aa  72.4  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2385  hypothetical protein  21.03 
 
 		 518 aa  70.5  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0228  hypothetical protein  22.2 
 
 		 652 aa  69.7  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  22.62 
 
 		 1159 aa  68.6  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0299  hypothetical protein  20.77 
 
 		 1154 aa  68.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309485 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  27.56 
 
 		 537 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  23.71 
 
 		 1058 aa  68.2  0.0000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  27.38 
 
 		 540 aa  66.6  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0410  hypothetical protein  23.46 
 
 		 1147 aa  67  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.301766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3999  N-6 DNA methylase  23.8 
 
 		 523 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00695181 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3077  hypothetical protein  22.77 
 
 		 562 aa  65.5  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000627479 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  27.38 
 
 		 535 aa  64.3  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1713  adenine-specific DNA methyltransferase  22.05 
 
 		 478 aa  63.9  0.000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0736948  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1243  hypothetical protein  20.48 
 
 		 534 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  26.07 
 
 		 863 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  24.4 
 
 		 1432 aa  63.2  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  26.61 
 
 		 853 aa  62.8  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  26.77 
 
 		 535 aa  62.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1457  type IIS restriction/modification enzyme  20.69 
 
 		 1256 aa  62  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  23.01 
 
 		 1209 aa  61.2  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  22.03 
 
 		 466 aa  60.5  0.00000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0068  type II restriction-modification enzyme  24.52 
 
 		 1244 aa  59.7  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  25.71 
 
 		 862 aa  60.1  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  24.38 
 
 		 863 aa  60.1  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  25.62 
 
 		 910 aa  60.1  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2210  type II restriction enzyme, methylase subunit  21.58 
 
 		 836 aa  59.3  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000292861  normal  0.0590871 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  22.12 
 
 		 950 aa  58.9  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0043  type II restriction-modification enzyme  21.11 
 
 		 1252 aa  58.2  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  25.62 
 
 		 863 aa  58.2  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2778  N-6 DNA methylase  30.86 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.63238e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  25.1 
 
 		 544 aa  57.4  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  24.5 
 
 		 547 aa  57.4  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  24.67 
 
 		 874 aa  57  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  21.5 
 
 		 974 aa  56.6  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  23.93 
 
 		 525 aa  56.6  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4597  type II DNA modification methyltransferase  34.02 
 
 		 116 aa  56.2  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2396  HemK family modification methylase  26.58 
 
 		 283 aa  55.1  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.299117 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  26.32 
 
 		 809 aa  55.5  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  26.16 
 
 		 537 aa  55.1  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  29.31 
 
 		 489 aa  54.7  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1897  hypothetical protein  27.05 
 
 		 410 aa  54.3  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000502601  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  34.68 
 
 		 527 aa  54.3  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.37 
 
 		 855 aa  54.7  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.62 
 
 		 462 aa  54.3  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  34.68 
 
 		 527 aa  54.3  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0267  putative modification methyltransferase  26.7 
 
 		 524 aa  53.9  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  23.5 
 
 		 525 aa  53.9  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  33.61 
 
 		 521 aa  52.8  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  24.31 
 
 		 537 aa  52.8  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  24.31 
 
 		 537 aa  52.8  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  25.1 
 
 		 534 aa  51.2  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  33.87 
 
 		 526 aa  51.2  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4293  hypothetical protein  21.46 
 
 		 539 aa  51.2  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.223829 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3080  hypothetical protein  23.5 
 
 		 1425 aa  50.8  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2914  N-6 DNA methylase  25.68 
 
 		 494 aa  50.4  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.170964  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  24.46 
 
 		 584 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5445  methyltransferase small  23.56 
 
 		 552 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  29.17 
 
 		 519 aa  49.3  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  25.45 
 
 		 484 aa  49.3  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  25.45 
 
 		 673 aa  49.7  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  27.09 
 
 		 633 aa  48.5  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1501  hypothetical protein  22.54 
 
 		 522 aa  48.9  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  29.86 
 
 		 520 aa  48.9  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2912  hypothetical protein  30.43 
 
 		 1338 aa  48.5  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.248972  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3333  methyltransferase small  28.47 
 
 		 241 aa  48.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1534  hypothetical protein  26.82 
 
 		 1120 aa  48.1  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 477 aa  48.5  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  27.69 
 
 		 423 aa  48.1  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4910  N-6 DNA methylase  22.47 
 
 		 584 aa  47.8  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.268375  normal  0.686666 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  24.8 
 
 		 502 aa  47.8  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2987  N-6 DNA methylase  25.65 
 
 		 692 aa  47.8  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  21.58 
 
 		 486 aa  47.4  0.0007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  24.43 
 
 		 522 aa  47.4  0.0007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  25.19 
 
 		 501 aa  47.4  0.0008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.31 
 
 		 484 aa  47.4  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3449  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class  22.97 
 
 		 389 aa  46.6  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0262978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0793  methyltransferase small  26.09 
 
 		 236 aa  47  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1421  HemK family modification methylase  27.21 
 
 		 261 aa  46.6  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0749193  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4877  hypothetical protein  22.38 
 
 		 481 aa  46.6  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  24.2 
 
 		 495 aa  46.2  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2233  hypothetical protein  20.4 
 
 		 544 aa  45.8  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2592  hypothetical protein  25.13 
 
 		 494 aa  46.2  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0166  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  24.79 
 
 		 291 aa  46.2  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0491  hypothetical protein  28.21 
 
 		 1178 aa  45.8  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  29.37 
 
 		 524 aa  45.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  23.89 
 
 		 554 aa  45.1  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3141  N-6 DNA methylase  22.66 
 
 		 746 aa  45.4  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>