More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1268 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 300 aa  600  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  35.57 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0193  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 327 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  34.2 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  37.5 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 293 aa  102  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  36.88 
 
 		 309 aa  102  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 353 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 319 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0064  helix-turn-helix, AraC type  30.97 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.585972  normal  0.173321 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  33.18 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 322 aa  95.9  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  30.21 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 		 272 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 291 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  33.13 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  35.03 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 289 aa  93.6  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 291 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  32.75 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  31.33 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  31.87 
 
 		 280 aa  92.4  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 287 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 		 282 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  32.28 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  25.38 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 202 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  43.69 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 299 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  32.99 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 311 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 311 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 287 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 287 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 287 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 384 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 287 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 277 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  37.42 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 294 aa  86.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  30.08 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 292 aa  87  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 287 aa  86.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 312 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  42.39 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  28.5 
 
 		 310 aa  85.9  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 251 aa  85.5  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 276 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  30.38 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2224  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000575993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3315  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.024617  hitchhiker  0.00000399067 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>