More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0641 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  74.78 
 
 
455 aa  697  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  73.74 
 
 
455 aa  691  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  74.29 
 
 
454 aa  691  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  100 
 
 
456 aa  923  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0588  type II secretion system protein E  81.4 
 
 
454 aa  765  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106283  normal  0.228191 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  66.74 
 
 
464 aa  643  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  74.12 
 
 
455 aa  692  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  67.53 
 
 
454 aa  639  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  75.65 
 
 
462 aa  677  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  76.54 
 
 
455 aa  717  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  74.51 
 
 
454 aa  694  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  76.54 
 
 
455 aa  717  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  70 
 
 
460 aa  661  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  69.28 
 
 
453 aa  641  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  74.12 
 
 
455 aa  691  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  74.12 
 
 
455 aa  691  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  91.07 
 
 
459 aa  846  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  74.29 
 
 
454 aa  691  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1528  type II secretion system protein E  63.24 
 
 
457 aa  575  1e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2354  type II secretion system protein E  64.32 
 
 
452 aa  577  1e-163  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0799  type II secretion system protein E  61.89 
 
 
452 aa  562  1e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  61.52 
 
 
472 aa  542  1e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  61.54 
 
 
479 aa  534  1e-150  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  60.58 
 
 
473 aa  530  1e-149  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  62.86 
 
 
468 aa  530  1e-149  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  57.72 
 
 
451 aa  520  1e-146  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  59.48 
 
 
469 aa  518  1e-146  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  58.25 
 
 
442 aa  498  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  58 
 
 
624 aa  501  1e-140  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  58.98 
 
 
441 aa  498  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  60.24 
 
 
445 aa  494  1e-138  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  56.8 
 
 
463 aa  492  1e-138  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2700  type II secretion system protein E  58.27 
 
 
437 aa  491  1e-138  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  55.91 
 
 
452 aa  488  1e-136  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1522  type II secretion system protein E  56.04 
 
 
467 aa  486  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  59.43 
 
 
444 aa  483  1e-135  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  55.68 
 
 
450 aa  483  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1833  type II secretion system protein E  56.26 
 
 
437 aa  483  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  56.63 
 
 
560 aa  478  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  54.59 
 
 
442 aa  476  1e-133  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2349  type II secretion system protein E  57.38 
 
 
485 aa  475  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.413673 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3206  type II secretion system protein E  54.17 
 
 
437 aa  472  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235983 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3966  type II secretion system protein E  58.37 
 
 
449 aa  472  1e-132  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.406102 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1109  type II secretion system protein E  61.17 
 
 
608 aa  474  1e-132  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.280352  normal  0.0921606 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1055  type II secretion system protein E  54.17 
 
 
437 aa  469  1e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0994  type II secretion system protein E  56.17 
 
 
496 aa  466  1e-130  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.010804  normal  0.584702 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  54.43 
 
 
463 aa  466  1e-130  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2761  type II secretion system protein E  57 
 
 
416 aa  463  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.580196 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1905  putative Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  58.82 
 
 
485 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094928  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0554  type II secretion system protein E  58.82 
 
 
485 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002649  type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF TadA subfamily  59.15 
 
 
458 aa  462  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1126  type II secretion system protein E  55.18 
 
 
484 aa  458  1e-128  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.188659  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4396  type II secretion system protein E  55.34 
 
 
481 aa  461  1e-128  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0302  type II secretion system protein E  58.31 
 
 
484 aa  458  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  54.26 
 
 
465 aa  456  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  8.47512e-06 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  54.26 
 
 
463 aa  455  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0422  type II secretion system protein E  53.19 
 
 
508 aa  454  1e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0644  FHA domain-containing protein  51.9 
 
 
569 aa  451  1e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.61095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0236  type II secretion system protein E  51.34 
 
 
482 aa  451  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.505122  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2116  type II secretion system protein E  56.07 
 
 
457 aa  450  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768773  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4613  type II secretion system protein E  51.57 
 
 
467 aa  446  1e-124  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  51.9 
 
 
572 aa  447  1e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2830  type II secretion system protein E  50.98 
 
 
482 aa  444  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  55.73 
 
 
487 aa  443  1e-123  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2381  type II secretion system protein E  50.24 
 
 
483 aa  439  1e-122  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.587547  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4203  type II secretion system protein E  50.73 
 
 
484 aa  439  1e-122  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0834137  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  49.22 
 
 
477 aa  438  1e-122  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  52.76 
 
 
472 aa  439  1e-122  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1852  type II secretion system protein E  51.44 
 
 
470 aa  438  1e-122  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00303958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  50 
 
 
433 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473497 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5122  type II secretion system protein E  49.88 
 
 
477 aa  437  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0451051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1781  type II secretion system protein E  49.76 
 
 
467 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3523  type II secretion system protein E  49.88 
 
 
482 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779224  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0604  type II secretion system protein E  49.63 
 
 
476 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0708  type II/IV secretion system protein E  51.55 
 
 
589 aa  434  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.844285  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3716  type II secretion system protein E  49.27 
 
 
490 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.058843  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3794  type II secretion system protein E  49.39 
 
 
480 aa  435  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0875515  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3116  type II secretion system protein E  52.62 
 
 
491 aa  430  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  47.56 
 
 
478 aa  429  1e-119  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0298  type II secretion system protein E  49.51 
 
 
488 aa  430  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0388  type II secretion system protein E  47.45 
 
 
489 aa  430  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2483  type II secretion system protein E  48.92 
 
 
482 aa  429  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.930862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1515  secretory protein kinase, cpaF  50.73 
 
 
432 aa  431  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0638595  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2411  type II secretion system protein E  49.27 
 
 
485 aa  428  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2316  type II secretion system protein E  52.7 
 
 
677 aa  431  1e-119  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3793  type II secretion system protein E  47.85 
 
 
485 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3490  type II secretion system protein E  53.3 
 
 
478 aa  426  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.057514 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4479  type II secretion system protein E  50.49 
 
 
491 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4190  type II secretion system protein E  47.15 
 
 
504 aa  428  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  50.74 
 
 
491 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2706  type II secretion system protein E  48.43 
 
 
482 aa  428  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.542458  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4000  type II secretion system protein E  50.24 
 
 
500 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737782  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1815  type II secretion system protein E  49.28 
 
 
449 aa  426  1e-118  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2692  type II secretion system protein E  54.31 
 
 
462 aa  422  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2694  type II secretion system protein E  52.62 
 
 
474 aa  423  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00162868  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3355  type II secretion system protein E  49.26 
 
 
488 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2507  type II secretion system protein E  54.5 
 
 
513 aa  419  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000823712  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1856  type II secretion system protein E  49.39 
 
 
521 aa  421  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808966  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0214  component of type IV pilus  50.74 
 
 
492 aa  420  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2648  type II secretion system protein E  50.79 
 
 
498 aa  418  1e-115  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>