More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1947 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 245 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  99.18 
 
 		 245 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  90.61 
 
 		 245 aa  447  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  75.82 
 
 		 247 aa  360  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  68.27 
 
 		 250 aa  330  9e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  70.33 
 
 		 248 aa  327  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  65.2 
 
 		 257 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  65.46 
 
 		 250 aa  319  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  66.94 
 
 		 246 aa  314  8e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  67.07 
 
 		 250 aa  312  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  62.4 
 
 		 258 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  62.65 
 
 		 261 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  63.2 
 
 		 257 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  63.49 
 
 		 251 aa  300  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  67.62 
 
 		 247 aa  299  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  63.31 
 
 		 253 aa  289  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  61.13 
 
 		 256 aa  284  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  61 
 
 		 254 aa  279  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  61.16 
 
 		 254 aa  276  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  61.16 
 
 		 254 aa  276  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  59.84 
 
 		 256 aa  273  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  61.13 
 
 		 253 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  60.73 
 
 		 254 aa  272  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  56.67 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  58.63 
 
 		 256 aa  268  8e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  57.83 
 
 		 256 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  55.65 
 
 		 254 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  60.91 
 
 		 252 aa  257  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  56.68 
 
 		 253 aa  254  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  56.41 
 
 		 252 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  59.02 
 
 		 262 aa  253  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  56.97 
 
 		 263 aa  246  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  55.51 
 
 		 254 aa  245  6e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  55.51 
 
 		 254 aa  245  6e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  55.1 
 
 		 254 aa  245  6e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  59.92 
 
 		 250 aa  244  6.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  56.35 
 
 		 253 aa  243  3e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  56.79 
 
 		 256 aa  235  5.0000000000000005e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  54.55 
 
 		 248 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  50.2 
 
 		 247 aa  217  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  49.01 
 
 		 256 aa  214  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  53.06 
 
 		 251 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  48.98 
 
 		 251 aa  209  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  52.05 
 
 		 245 aa  209  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  47.37 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  48.16 
 
 		 249 aa  207  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1562  triosephosphate isomerase  45.93 
 
 		 252 aa  206  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000611161  hitchhiker  0.000778836 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  52.46 
 
 		 248 aa  207  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 250 aa  204  8e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 		 255 aa  204  8e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  52.82 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  48.4 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  47.35 
 
 		 251 aa  203  2e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  50.82 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 249 aa  201  7e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  43.62 
 
 		 249 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  46.34 
 
 		 251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  47.15 
 
 		 251 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  45.53 
 
 		 249 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0499  Triose-phosphate isomerase  47.33 
 
 		 251 aa  198  6e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  48.96 
 
 		 251 aa  198  7e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  47.39 
 
 		 255 aa  198  7.999999999999999e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  47.39 
 
 		 271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  46.25 
 
 		 253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0908  triosephosphate isomerase  43.32 
 
 		 250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.842553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  48.75 
 
 		 251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  47.92 
 
 		 251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  48.75 
 
 		 251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62830  triosephosphate isomerase  46.75 
 
 		 251 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  47.92 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  47.92 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  46.34 
 
 		 251 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1779  triosephosphate isomerase  45.56 
 
 		 251 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.906694  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  47.06 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  47.5 
 
 		 253 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  47.54 
 
 		 257 aa  194  9e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  41.43 
 
 		 254 aa  194  9e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  48.13 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  45.12 
 
 		 251 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1639  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.766552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  48.33 
 
 		 266 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1948  triosephosphate isomerase  44.86 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000540949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  193  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  47.56 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  45.16 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  43.5 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  47.74 
 
 		 250 aa  192  4e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  46.89 
 
 		 248 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0870  triosephosphate isomerase  48.56 
 
 		 250 aa  192  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695096  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  46.89 
 
 		 248 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  43.9 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>