More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00881 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  100 
 
 
413 aa  832    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  66.92 
 
 
397 aa  520  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.51 
 
 
405 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.57 
 
 
400 aa  385  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.57 
 
 
400 aa  385  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  52.2 
 
 
402 aa  376  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.11 
 
 
403 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.63 
 
 
408 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.45 
 
 
392 aa  346  6e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.21 
 
 
388 aa  335  7e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  44.53 
 
 
400 aa  332  7.000000000000001e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  49.09 
 
 
394 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  50.26 
 
 
396 aa  324  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.61 
 
 
421 aa  315  8e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  46.49 
 
 
398 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  42.57 
 
 
418 aa  298  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.2 
 
 
402 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.41 
 
 
373 aa  276  6e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  43.19 
 
 
453 aa  270  4e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.75 
 
 
362 aa  249  7e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  38.69 
 
 
484 aa  248  1e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.73 
 
 
392 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.43 
 
 
419 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.41 
 
 
411 aa  195  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  36.72 
 
 
415 aa  193  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.89 
 
 
415 aa  186  4e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.45 
 
 
428 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  35.14 
 
 
416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.33 
 
 
429 aa  180  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.81 
 
 
413 aa  179  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.2 
 
 
411 aa  179  8e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.42 
 
 
431 aa  177  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.56 
 
 
410 aa  176  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32.82 
 
 
402 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  36.91 
 
 
408 aa  173  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 
410 aa  172  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.16 
 
 
430 aa  172  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.75 
 
 
418 aa  171  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.17 
 
 
414 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.13 
 
 
417 aa  167  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.38 
 
 
412 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  34.28 
 
 
402 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.61 
 
 
416 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.99 
 
 
442 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.18 
 
 
409 aa  163  6e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.52 
 
 
440 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.05 
 
 
508 aa  161  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  27.61 
 
 
412 aa  160  3e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.25 
 
 
402 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.82 
 
 
404 aa  157  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 
402 aa  157  4e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.81 
 
 
416 aa  156  6e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  30.75 
 
 
407 aa  156  7e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  32.14 
 
 
418 aa  155  1e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  28.8 
 
 
399 aa  155  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  28.95 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  30.21 
 
 
402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  30.21 
 
 
402 aa  153  5.9999999999999996e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  30.99 
 
 
416 aa  153  5.9999999999999996e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  31.96 
 
 
416 aa  153  7e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  30.92 
 
 
417 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
414 aa  150  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
414 aa  150  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  32.98 
 
 
422 aa  149  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  29.15 
 
 
417 aa  149  9e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  32.29 
 
 
414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  33.24 
 
 
414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  29.87 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  29.59 
 
 
429 aa  148  2.0000000000000003e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  32 
 
 
412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  33.05 
 
 
414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  32.36 
 
 
417 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  27.06 
 
 
401 aa  147  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  28.23 
 
 
403 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  31.7 
 
 
414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  31.51 
 
 
421 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 
414 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  31.51 
 
 
421 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  30.93 
 
 
423 aa  146  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  31.58 
 
 
445 aa  145  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  30.97 
 
 
421 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 
416 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  28.74 
 
 
417 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  26.27 
 
 
403 aa  144  2e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  30.97 
 
 
421 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  30.97 
 
 
420 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  29.82 
 
 
417 aa  144  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 
421 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  29.57 
 
 
417 aa  143  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  32.03 
 
 
421 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  28.15 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  33.14 
 
 
423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 
417 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  33.14 
 
 
423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  33.14 
 
 
423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  33.14 
 
 
423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  33.14 
 
 
423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  33.14 
 
 
423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  30.47 
 
 
417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  33.14 
 
 
423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>