More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00408 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  100 
 
 		 344 aa  672    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  85.76 
 
 		 406 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  85.76 
 
 		 406 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  59.83 
 
 		 386 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  56.94 
 
 		 379 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  59.94 
 
 		 384 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  52.52 
 
 		 382 aa  341  1e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  51.63 
 
 		 390 aa  333  2e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  54.05 
 
 		 405 aa  332  6e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  49.86 
 
 		 403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  49.71 
 
 		 383 aa  300  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  36.2 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  35.28 
 
 		 398 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  31.53 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.72 
 
 		 400 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  30.21 
 
 		 424 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  31.75 
 
 		 423 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.72 
 
 		 427 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.29 
 
 		 428 aa  155  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 		 410 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.68 
 
 		 587 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 440 aa  153  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  31.96 
 
 		 388 aa  152  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  34.08 
 
 		 402 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  35.05 
 
 		 371 aa  142  7e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.55 
 
 		 412 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  32.17 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.02 
 
 		 671 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  31.37 
 
 		 455 aa  136  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.98 
 
 		 460 aa  135  8e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  32.27 
 
 		 418 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  32.52 
 
 		 382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  30.12 
 
 		 472 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  29.02 
 
 		 377 aa  132  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 		 465 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  30.34 
 
 		 413 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 468 aa  132  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 		 382 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 		 382 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 456 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  31.4 
 
 		 421 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 459 aa  129  9.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  29.24 
 
 		 400 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  30.38 
 
 		 375 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  30.61 
 
 		 416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  31.17 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  33.76 
 
 		 375 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  29.26 
 
 		 415 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.7 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  33.04 
 
 		 402 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  30.74 
 
 		 466 aa  126  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  30.7 
 
 		 418 aa  126  6e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  32.22 
 
 		 451 aa  125  9e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.71 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.71 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.85 
 
 		 373 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 640 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  31.25 
 
 		 384 aa  123  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 		 451 aa  122  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 		 459 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.5 
 
 		 432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 417 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  31.31 
 
 		 505 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 		 417 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.53 
 
 		 376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.91 
 
 		 380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  32.25 
 
 		 459 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.96 
 
 		 359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  28.96 
 
 		 467 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 		 361 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.49 
 
 		 424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  30.86 
 
 		 540 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.21 
 
 		 390 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  30.89 
 
 		 502 aa  117  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 		 457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  27.44 
 
 		 526 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 500 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5320  heavy metal cation tricomponent efflux protein ZniB  29.22 
 
 		 404 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  30.19 
 
 		 397 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  32.69 
 
 		 403 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 599 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  28.66 
 
 		 500 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  32.14 
 
 		 401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.81 
 
 		 705 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 		 502 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  28.05 
 
 		 472 aa  113  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 683 aa  113  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 		 538 aa  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  29.88 
 
 		 546 aa  112  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  29.38 
 
 		 416 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 416 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 416 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 502 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  29.38 
 
 		 404 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  27.44 
 
 		 650 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1301  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 419 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.837432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>