142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3885 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3885  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 185 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0480045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4174  MarR family transcriptional regulator  83.96 
 
 		 186 aa  300  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1387  MarR family transcriptional regulator  77.6 
 
 		 185 aa  280  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.207985  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4853  transcriptional regulator, MarR family  79.46 
 
 		 183 aa  275  4e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3138  MarR family transcriptional regulator  72.53 
 
 		 182 aa  258  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1738  MarR family transcriptional regulator  74.85 
 
 		 169 aa  247  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182936  normal  0.307444 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2519  MarR family transcriptional regulator  77.71 
 
 		 169 aa  244  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.106367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2557  MarR family transcriptional regulator  58.43 
 
 		 183 aa  186  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2749  transcriptional regulator, MarR family  56.88 
 
 		 163 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.399599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3012  transcriptional regulator, MarR family  56.25 
 
 		 163 aa  169  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6016  MarR family transcriptional regulator  54.6 
 
 		 226 aa  169  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0276025 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7271  transcriptional regulator, MarR family  54.49 
 
 		 184 aa  167  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2510  transcriptional regulator, MarR family  55.33 
 
 		 179 aa  166  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2614  transcriptional regulator, MarR family  60.71 
 
 		 187 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.68039 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2586  regulatory protein MarR  57.32 
 
 		 191 aa  164  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2141  MarR family transcriptional regulator  62.31 
 
 		 174 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223544  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2809  transcriptional regulator, MarR family  60.71 
 
 		 191 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.716089 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2244  MarR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 160 aa  161  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4070  MarR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 181 aa  154  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.650138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2270  MarR family transcriptional regulator  53.69 
 
 		 172 aa  153  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.689924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3163  transcriptional regulator MarR family  56.15 
 
 		 154 aa  151  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165579  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1520  MarR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 179 aa  150  8.999999999999999e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.935208  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1470  MarR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1645  MarR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 173 aa  149  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2224  MarR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 179 aa  121  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0851  MarR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.277928  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3300  transcriptional regulator  43.41 
 
 		 168 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0093  MarR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 169 aa  112  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.560358 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2800  MarR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 169 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1139  MarR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 169 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453374  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2925  MarR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 170 aa  107  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.652436 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2601  MarR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 172 aa  98.2  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.62528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2787  MarR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 169 aa  97.8  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3510  transcriptional regulator, MarR family  46.6 
 
 		 167 aa  97.1  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3578  transcriptional regulator, MarR family  46.6 
 
 		 167 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3429  MarR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 152 aa  94.7  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.063999  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3286  transcriptional regulator, MarR family  38.79 
 
 		 183 aa  94  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2652  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 151 aa  93.6  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4078  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 175 aa  94  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.419804 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2708  regulatory protein MarR  34.51 
 
 		 151 aa  93.6  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2241  transcriptional regulator, putative  38.05 
 
 		 148 aa  93.2  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43140  MarR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 158 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00364645  normal  0.320995 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3619  MarR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 157 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3279  MarR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 148 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861844  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2518  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 160 aa  87.4  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000237934  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2292  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 158 aa  86.3  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00249883  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0046  MarR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 187 aa  85.5  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.283785 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1793  MarR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 160 aa  85.1  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.390587  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2441  transcriptional regulator, MarR family  37.86 
 
 		 160 aa  84.7  7e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0799382  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2894  transcriptional regulator, MarR family  36.89 
 
 		 160 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000195714  normal  0.301041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1988  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 147 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27646  hitchhiker  0.00136525 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0772  MarR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 146 aa  83.6  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1840  regulatory protein, MarR  37.69 
 
 		 156 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.076526  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2582  transcriptional regulator, MarR family  36.89 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000123065  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2312  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.986519  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2280  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0185424  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2233  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.476984  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2487  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.229452  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2672  MarR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 145 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.273141  normal  0.798793 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2508  transcriptional regulator, MarR family  36.89 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.888447 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1712  MarR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 147 aa  81.3  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2086  MarR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 155 aa  69.3  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.788837  hitchhiker  0.000000978102 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  32.69 
 
 		 161 aa  54.7  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 160 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 159 aa  50.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2138  MarR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 157 aa  50.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.14968  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  27.36 
 
 		 148 aa  48.1  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6596  transcriptional regulator, MarR family  27.78 
 
 		 140 aa  48.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155903 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 162 aa  48.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1625  MarR family transcriptional regulator  29 
 
 		 156 aa  47.4  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 146 aa  47.8  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2265  transcriptional regulator, MarR family  29.59 
 
 		 296 aa  47  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 143 aa  46.6  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0413  MarR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 151 aa  46.2  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.019986  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1971  MarR family transcriptional regulator  29 
 
 		 162 aa  45.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.30149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4054  MarR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 323 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0352596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 155 aa  45.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0659  MarR family transcriptional regulator  31 
 
 		 159 aa  45.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4344  MarR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 144 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.747818  normal  0.0412659 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  23.3 
 
 		 149 aa  45.4  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0095  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 142 aa  45.1  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5805  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 164 aa  45.4  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3300  transcriptional regulator, MarR family  31 
 
 		 147 aa  45.1  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0090  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 142 aa  44.7  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  28.72 
 
 		 140 aa  44.7  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1907  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 193 aa  44.3  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3109  transcriptional regulator HosA  23.58 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3041  transcriptional regulator HosA  23.58 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1921  MarR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 169 aa  43.9  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124747  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3125  transcriptional regulator HosA  23.58 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0371002 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1245  transcriptional regulator, MarR family  26.55 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.868936  normal  0.145982 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3229  transcriptional regulator HosA  23.58 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.880017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3070  transcriptional regulator HosA  23.58 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3274  MarR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 150 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.154941  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3030  MarR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 150 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.286737  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2110  regulatory protein, MarR  26.36 
 
 		 163 aa  43.1  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.450646  normal  0.261342 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2241  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 161 aa  43.5  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.117879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1999  transcriptional regulator, MarR family  25.49 
 
 		 150 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 153 aa  43.5  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>