56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3780 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3780  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 		 264 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173597  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3606  peptidoglycan binding domain-containing protein  96.59 
 
 		 264 aa  509  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1484  chitinase-like protein  50.83 
 
 		 323 aa  225  6e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1867  chitinase-like protein  44.4 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.52328 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4775  chitinase-like protein  45.37 
 
 		 259 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.340237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3452  putative lysozyme  45.79 
 
 		 183 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2767  glycoside hydrolase family protein  52.98 
 
 		 177 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0234553 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2746  glycoside hydrolase family protein  54.86 
 
 		 196 aa  145  9e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3933  lysozyme, putative  51.33 
 
 		 177 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.481436  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2093  lysozyme, putative  52.32 
 
 		 177 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4037  lysozyme, putative  52.32 
 
 		 177 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2238  glycoside hydrolase family 19  49.02 
 
 		 181 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4583  glycoside hydrolase family protein  42.11 
 
 		 181 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0192783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0125  hypothetical protein  41.83 
 
 		 238 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.293985 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1863  glycoside hydrolase family protein  37.72 
 
 		 190 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000377059  hitchhiker  0.0000000000000241474 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0358  glycoside hydrolase family 19  34.12 
 
 		 207 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1219  glycoside hydrolase family protein  43.31 
 
 		 189 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.324918  hitchhiker  0.000139257 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0276  glycoside hydrolase family 19  33.33 
 
 		 208 aa  89.7  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3066  pyocin R2_PP, lytic enzyme  40.13 
 
 		 183 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1172  Pyocin R2_PP, lytic enzyme  35.35 
 
 		 187 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3389  lysozyme, putative  40.52 
 
 		 181 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101115  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4033  glycoside hydrolase family protein  37.11 
 
 		 182 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148282  unclonable  0.0000000000000260373 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3040  hypothetical protein  35.15 
 
 		 187 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00105479  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3679  lytic enzyme  38.21 
 
 		 203 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2272  lytic enzyme  41.74 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.880896  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3652  chitinase-like protein  26.03 
 
 		 875 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08160  putative lytic enzyme  33.5 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000097217  hitchhiker  0.000261863 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0199  putative endolysin  30.69 
 
 		 212 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0773  hypothetical protein  39.17 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2430  lytic enzyme  37.7 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1096  lytic enzyme  29.79 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0104377 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0686  lytic enzyme  30.53 
 
 		 204 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000553014 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4457  lytic enzyme  30.53 
 
 		 204 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.867562  hitchhiker  0.0000000252296 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5850  chitinase  26.67 
 
 		 211 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5204  EF hand domain protein  35 
 
 		 674 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3456  putative glycohydrolase  31.25 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1414  glycoside hydrolase family 19  35.29 
 
 		 204 aa  55.1  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01355  phage-related lytic enzyme  30.63 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.225253  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2255  glycoside hydrolase family 19  32.5 
 
 		 197 aa  54.3  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2437  chitinase-like protein  27.81 
 
 		 335 aa  54.3  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6125  peptidase M23B  30.28 
 
 		 746 aa  52.4  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0146574  normal  0.37839 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1679  glycoside hydrolase family 19  31.36 
 
 		 197 aa  51.6  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1295  glycoside hydrolase family 19  31.36 
 
 		 197 aa  51.6  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.398122  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4087  hypothetical protein  37.04 
 
 		 209 aa  51.6  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.114514  normal  0.565066 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0015  hypothetical protein  24.64 
 
 		 776 aa  50.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1995  putative glycohydrolase  32.76 
 
 		 245 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.853738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2124  chitinase-like protein  28.35 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166993  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3658  glycoside hydrolase family protein  30.49 
 
 		 220 aa  50.4  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2608  glycoside hydrolase family protein  28.24 
 
 		 789 aa  50.1  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0515  hypothetical protein  40.32 
 
 		 201 aa  47.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.356354  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1429  putative glycohydrolase  31.07 
 
 		 220 aa  47.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1828  putative glycohydrolase  30.46 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0427119  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0108  glycoside hydrolase family protein  23.19 
 
 		 1054 aa  47  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000427  hypothetical protein  31.58 
 
 		 743 aa  47  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.111385  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0832  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  45.45 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000773006  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02039  EF hand domain protein  25.27 
 
 		 964 aa  42.7  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.115818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>