293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0335 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0335  phage integrase family protein  100 
 
 		 356 aa  722    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0292  phage integrase family protein  76.55 
 
 		 354 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  42.34 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  37.96 
 
 		 386 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0194  phage integrase  31.75 
 
 		 333 aa  129  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334318  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  30.14 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  27.39 
 
 		 387 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  27.39 
 
 		 387 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  27.03 
 
 		 349 aa  90.9  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  24.58 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  26.4 
 
 		 387 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  26.4 
 
 		 387 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  23.91 
 
 		 387 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  25.88 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  28.09 
 
 		 369 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  28.09 
 
 		 369 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  28.09 
 
 		 369 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  27.42 
 
 		 369 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  28.09 
 
 		 369 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1633  phage integrase  27.27 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  28.83 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  28.83 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  25.09 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  24.59 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  27 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5532  site-specific tyrosine recombinase XerS  31.37 
 
 		 368 aa  67  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644958 
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  30.56 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  30.56 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0200  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.65 
 
 		 361 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  9.249629999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  29.22 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  25.98 
 
 		 341 aa  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0261  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.65 
 
 		 361 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  23.43 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  25.23 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  29.27 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0311  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.65 
 
 		 361 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  25.96 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2297  integrative genetic element Ppu40, integrase  26.48 
 
 		 274 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  29.63 
 
 		 343 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  27.6 
 
 		 363 aa  62  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  30.09 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0912  integrase/recombinase  29.49 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0261382  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0136  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.73 
 
 		 361 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.293476  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.51 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  31.82 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  28.88 
 
 		 285 aa  58.9  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  23.81 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.49 
 
 		 402 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  26.15 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  29.52 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  24.73 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  28.42 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  27.35 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  34.27 
 
 		 295 aa  57  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  27.59 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  31.51 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  29.24 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.11 
 
 		 353 aa  55.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1934  phage integrase  26.53 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3803  phage integrase family protein  26.53 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.704516  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3970  phage integrase family protein  26.53 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  27.37 
 
 		 295 aa  55.8  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3541  phage integrase family protein  30.86 
 
 		 452 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1994  integrase family protein  29.9 
 
 		 315 aa  55.1  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000947418  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2421  integrase family protein  25.43 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0129159 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1208  phage integrase  27.27 
 
 		 476 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  27.23 
 
 		 297 aa  55.1  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  27.23 
 
 		 336 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  26.34 
 
 		 336 aa  53.9  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  30.68 
 
 		 396 aa  53.9  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  25.76 
 
 		 291 aa  53.9  0.000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  28.09 
 
 		 332 aa  53.5  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2093  integrase family protein  29.93 
 
 		 385 aa  53.5  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.379176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  30.97 
 
 		 365 aa  53.1  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  28.26 
 
 		 290 aa  53.1  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.18 
 
 		 321 aa  52.8  0.000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  29.22 
 
 		 334 aa  52.8  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  26.57 
 
 		 372 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  25.44 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0242  Tn554-related, transposase A  26.87 
 
 		 519 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 310 aa  52.4  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  29.38 
 
 		 482 aa  52.4  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  26.61 
 
 		 407 aa  52  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0279  phage integrase family protein  27.11 
 
 		 282 aa  52.4  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.033075  hitchhiker  0.000013626 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  29.73 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  27.23 
 
 		 331 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  27.88 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  26.59 
 
 		 296 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2809  integrase family protein  29.38 
 
 		 205 aa  52  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0967  phage integrase family protein  27.23 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  28.28 
 
 		 307 aa  51.2  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.29 
 
 		 300 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  27.78 
 
 		 348 aa  51.6  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  27.04 
 
 		 283 aa  51.6  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  21.11 
 
 		 384 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0203  phage integrase family protein  33.12 
 
 		 353 aa  51.2  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1006  site-specific tyrosine recombinase XerS  25.77 
 
 		 356 aa  50.8  0.00003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000475631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  31.95 
 
 		 346 aa  51.2  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  29.07 
 
 		 318 aa  51.2  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  25.68 
 
 		 370 aa  50.4  0.00004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>