More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_0389 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
395 aa  803    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.87 
 
 
397 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.56 
 
 
395 aa  598  1e-170  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.56 
 
 
395 aa  598  1e-170  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.84 
 
 
397 aa  595  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.61 
 
 
404 aa  591  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.04 
 
 
395 aa  590  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.43 
 
 
426 aa  590  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.47 
 
 
390 aa  474  1e-132  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.5 
 
 
387 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.18 
 
 
388 aa  457  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.88 
 
 
403 aa  454  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.86 
 
 
392 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.95 
 
 
388 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.33 
 
 
389 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.85 
 
 
384 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.31 
 
 
392 aa  434  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.4 
 
 
387 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.77 
 
 
411 aa  430  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.3 
 
 
389 aa  422  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.16 
 
 
410 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.23 
 
 
396 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.43 
 
 
383 aa  395  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.4 
 
 
404 aa  385  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.54 
 
 
388 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.71 
 
 
385 aa  370  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.25 
 
 
363 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.77 
 
 
395 aa  353  2.9999999999999997e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.51 
 
 
390 aa  348  7e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.87 
 
 
382 aa  335  1e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.48 
 
 
388 aa  333  2e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.86 
 
 
388 aa  333  4e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.68 
 
 
387 aa  330  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.41 
 
 
378 aa  325  7e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.85 
 
 
381 aa  323  4e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.73 
 
 
380 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.53 
 
 
375 aa  313  1.9999999999999998e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.67 
 
 
389 aa  312  7.999999999999999e-84  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.73 
 
 
380 aa  312  7.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.24 
 
 
380 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.1 
 
 
371 aa  306  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.46 
 
 
379 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.27 
 
 
376 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.9 
 
 
407 aa  302  8.000000000000001e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.85 
 
 
381 aa  300  3e-80  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.12 
 
 
407 aa  299  5e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.7 
 
 
375 aa  297  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.13 
 
 
376 aa  297  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.44 
 
 
398 aa  295  7e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.83 
 
 
377 aa  295  9e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.43 
 
 
382 aa  294  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.89 
 
 
378 aa  293  3e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.08 
 
 
402 aa  293  3e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.96 
 
 
383 aa  293  3e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
385 aa  292  9e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.66 
 
 
380 aa  285  7e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.64 
 
 
377 aa  285  8e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.69 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.39 
 
 
383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.23 
 
 
376 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.62 
 
 
375 aa  281  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.86 
 
 
383 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
375 aa  280  3e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  43.04 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.16 
 
 
377 aa  279  5e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.73 
 
 
378 aa  278  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
375 aa  278  8e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.89 
 
 
386 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.9 
 
 
376 aa  278  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.41 
 
 
386 aa  277  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.08 
 
 
386 aa  276  3e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.84 
 
 
377 aa  277  3e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.19 
 
 
391 aa  276  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.56 
 
 
378 aa  276  4e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.7 
 
 
383 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.79 
 
 
392 aa  276  5e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.67 
 
 
391 aa  275  9e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.19 
 
 
383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.9 
 
 
382 aa  273  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.49 
 
 
386 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.69 
 
 
383 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  0.131095 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.72 
 
 
383 aa  273  5.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4199  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.69 
 
 
383 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0319412  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.58 
 
 
378 aa  273  5.000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.98 
 
 
380 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.32 
 
 
383 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.43 
 
 
374 aa  271  1e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1130  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.43 
 
 
383 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.43 
 
 
374 aa  271  2e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>