More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0816 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
297 aa  611  9.999999999999999e-175  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 
301 aa  255  6e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  39.26 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  44.66 
 
 
302 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 
307 aa  226  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  42.46 
 
 
302 aa  225  8e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 
294 aa  218  7.999999999999999e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 
307 aa  217  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 
307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 
307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 
307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 
307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 
307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 
307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  43.56 
 
 
302 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 
280 aa  212  4.9999999999999996e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 
307 aa  212  7e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  43.65 
 
 
330 aa  211  1e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
305 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
305 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 
305 aa  198  7.999999999999999e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  36.63 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 
292 aa  189  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  40.53 
 
 
305 aa  189  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  34.77 
 
 
294 aa  186  5e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 
313 aa  185  8e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 
297 aa  185  9e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  34.44 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 
313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  34.58 
 
 
293 aa  182  6e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 
294 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 
315 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 
307 aa  179  7e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  35.09 
 
 
309 aa  178  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  33.9 
 
 
321 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 
283 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 
307 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  35.63 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  35.41 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  36.02 
 
 
328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  35.98 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  34.63 
 
 
302 aa  172  5e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  33.55 
 
 
298 aa  172  5e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  35.96 
 
 
299 aa  172  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  32.56 
 
 
314 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 
317 aa  171  1e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  33.44 
 
 
304 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 
241 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 
310 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  32.24 
 
 
310 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  32.24 
 
 
310 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  35.09 
 
 
303 aa  169  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 
291 aa  169  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  32.45 
 
 
322 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 
323 aa  169  5e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  32.57 
 
 
314 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
311 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 
300 aa  169  7e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 
310 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  31.7 
 
 
310 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 
299 aa  168  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  31.35 
 
 
315 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  38.17 
 
 
303 aa  168  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  32.24 
 
 
310 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  36.53 
 
 
308 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  36.02 
 
 
288 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  36.23 
 
 
339 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  35.27 
 
 
304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  34.72 
 
 
311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  35.63 
 
 
299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  34.81 
 
 
315 aa  166  5e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  31.79 
 
 
302 aa  166  5e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  34.81 
 
 
300 aa  165  8e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  33.7 
 
 
298 aa  165  9e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  36.12 
 
 
309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  34.94 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  36.19 
 
 
347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  35.14 
 
 
300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  32.17 
 
 
309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  36.53 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2559  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0116383 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  33.97 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  34.75 
 
 
338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  33.21 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  33.83 
 
 
344 aa  163  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  32.32 
 
 
303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  32 
 
 
312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
317 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  31.85 
 
 
313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  32.49 
 
 
302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  34.83 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  34.36 
 
 
291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  32.09 
 
 
297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  33.08 
 
 
380 aa  162  6e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  36.19 
 
 
302 aa  162  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  33.08 
 
 
308 aa  162  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>