More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1221 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
257 aa  504  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.53 
 
 
263 aa  146  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
560 aa  128  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
268 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.15 
 
 
274 aa  122  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
275 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.77 
 
 
268 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  35.42 
 
 
275 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  35 
 
 
275 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.04 
 
 
279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
268 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.06 
 
 
298 aa  118  7e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
268 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.42 
 
 
274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
274 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.73 
 
 
273 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
281 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
281 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
272 aa  115  8.999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 
272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.73 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  36.48 
 
 
282 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
277 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.94 
 
 
256 aa  112  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
282 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.29 
 
 
277 aa  112  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.92 
 
 
271 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
256 aa  112  6e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34 
 
 
278 aa  112  7.000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  36.36 
 
 
267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.63 
 
 
279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.95 
 
 
273 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.32 
 
 
278 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.82 
 
 
273 aa  108  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.75 
 
 
273 aa  107  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  36.73 
 
 
311 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
278 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
278 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.62 
 
 
249 aa  105  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.04 
 
 
278 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.92 
 
 
274 aa  105  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 
267 aa  104  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.76 
 
 
278 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
278 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.2 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  32.67 
 
 
278 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.61 
 
 
261 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
265 aa  97.4  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
278 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
280 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
267 aa  95.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
277 aa  94.7  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.38 
 
 
275 aa  94.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  35.6 
 
 
280 aa  93.2  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
269 aa  93.2  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.04 
 
 
276 aa  92  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.45 
 
 
269 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 
252 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.75 
 
 
270 aa  90.5  3e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.12 
 
 
266 aa  88.6  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.35 
 
 
276 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.93 
 
 
276 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  33.89 
 
 
244 aa  87  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.58 
 
 
277 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  33.66 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
313 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
283 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
278 aa  80.1  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.48 
 
 
283 aa  78.6  0.00000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.97 
 
 
357 aa  77  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.55139  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.5 
 
 
313 aa  75.5  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
304 aa  72.8  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
328 aa  72  0.000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.14 
 
 
307 aa  70.5  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02194  putative oxidoreductase protein  30.34 
 
 
305 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415405  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.83 
 
 
252 aa  69.7  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
314 aa  69.3  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.25 
 
 
312 aa  68.9  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
315 aa  68.6  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  31.84 
 
 
340 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
320 aa  67.4  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.92 
 
 
308 aa  67.4  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
309 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
328 aa  66.6  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5210  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.84 
 
 
341 aa  66.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
333 aa  66.6  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
309 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3189  polysaccharide biosynthesis protein  29.61 
 
 
340 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
292 aa  65.9  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  30.17 
 
 
343 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>