More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3189 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3189  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 
340 aa  706    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  79.76 
 
 
340 aa  570  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.58 
 
 
342 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75 
 
 
340 aa  533  1e-150  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.250219 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.94 
 
 
357 aa  501  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.55139  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0651  NAD-dependent epimerase  73.08 
 
 
344 aa  502  1e-141  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.562081  normal  0.641737 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  69.1 
 
 
344 aa  496  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  69.55 
 
 
343 aa  488  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.05 
 
 
343 aa  490  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3996  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.76 
 
 
369 aa  488  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.67 
 
 
342 aa  476  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5374  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:nucleotide sugar epimerase  60.97 
 
 
377 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.28 
 
 
362 aa  449  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29920  NAD-dependent epimerase protein  60.4 
 
 
367 aa  447  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374178  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2662  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.16 
 
 
341 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.1 
 
 
340 aa  441  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.61 
 
 
342 aa  438  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.14 
 
 
339 aa  436  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.863846  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  62.31 
 
 
341 aa  432  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.4 
 
 
350 aa  432  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.83 
 
 
368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.85 
 
 
343 aa  405  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5210  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.93 
 
 
341 aa  390  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.67 
 
 
342 aa  378  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.2 
 
 
343 aa  369  1e-101  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.26 
 
 
327 aa  357  1.9999999999999998e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13088  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.69 
 
 
335 aa  352  5.9999999999999994e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.763939  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.06 
 
 
322 aa  276  3e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  45.85 
 
 
319 aa  276  5e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.28 
 
 
313 aa  265  5.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.26 
 
 
312 aa  259  6e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45 
 
 
309 aa  258  8e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.14 
 
 
314 aa  258  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.08 
 
 
304 aa  252  7e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.94 
 
 
311 aa  248  8e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.65 
 
 
313 aa  247  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.85 
 
 
310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  41.56 
 
 
308 aa  242  7.999999999999999e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.89 
 
 
307 aa  227  2e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  41.75 
 
 
298 aa  207  2e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.89 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.34 
 
 
308 aa  200  3e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.84 
 
 
388 aa  197  2.0000000000000003e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 
306 aa  196  3e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
325 aa  197  3e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
327 aa  191  1e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.6 
 
 
328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.58 
 
 
321 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.58 
 
 
321 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.77 
 
 
309 aa  186  5e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.77 
 
 
309 aa  186  5e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
328 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
313 aa  181  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.49 
 
 
310 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
309 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
310 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.81 
 
 
308 aa  176  4e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.03 
 
 
306 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.59 
 
 
309 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.13 
 
 
323 aa  169  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.97 
 
 
299 aa  169  5e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.13 
 
 
323 aa  169  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
309 aa  169  8e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.3 
 
 
318 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
342 aa  168  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  33.33 
 
 
326 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
314 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
330 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
328 aa  167  2e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  34.38 
 
 
302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.46 
 
 
292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.49 
 
 
292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
329 aa  164  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00157026  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.91 
 
 
316 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
324 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.08 
 
 
322 aa  161  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 
310 aa  161  1e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
324 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
336 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
310 aa  161  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0592  capsular polysaccharide biosynthesis protein  32.06 
 
 
334 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
315 aa  160  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
316 aa  161  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.04 
 
 
335 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.93 
 
 
312 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.86 
 
 
330 aa  160  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4274  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
335 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  32.15 
 
 
337 aa  159  7e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>