More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3068 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 343 aa  706    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.72 
 
 		 350 aa  457  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.07 
 
 		 342 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.53 
 
 		 342 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  63.88 
 
 		 341 aa  432  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.07 
 
 		 340 aa  432  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.18 
 
 		 339 aa  434  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.863846  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2662  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.15 
 
 		 341 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.54 
 
 		 340 aa  427  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250219 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.09 
 
 		 357 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.55139  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5374  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:nucleotide sugar epimerase  64.5 
 
 		 377 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  63.66 
 
 		 340 aa  411  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.8 
 
 		 368 aa  413  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3996  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.67 
 
 		 369 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3189  polysaccharide biosynthesis protein  62.85 
 
 		 340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.09 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.3 
 
 		 362 aa  402  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.3 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  57.82 
 
 		 343 aa  397  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  58.1 
 
 		 344 aa  385  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.46 
 
 		 343 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29920  NAD-dependent epimerase protein  59.16 
 
 		 367 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374178  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0651  NAD-dependent epimerase  58.75 
 
 		 344 aa  380  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.562081  normal  0.641737 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.97 
 
 		 342 aa  380  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5210  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.12 
 
 		 341 aa  369  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.97 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13088  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.85 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.763939  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.91 
 
 		 312 aa  297  2e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  47.26 
 
 		 319 aa  290  3e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.35 
 
 		 313 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.91 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.5 
 
 		 322 aa  281  2e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.22 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.53 
 
 		 314 aa  269  5e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.65 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.55 
 
 		 310 aa  258  7e-68  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  42.15 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.3 
 
 		 304 aa  241  2e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.77 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.77 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.63 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.84 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.56 
 
 		 325 aa  212  9e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.42 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.69 
 
 		 309 aa  202  7e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 		 321 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.17 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.32 
 
 		 321 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  41.08 
 
 		 298 aa  199  7e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.17 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.26 
 
 		 316 aa  196  3e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 		 310 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.26 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 		 388 aa  195  1e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.26 
 
 		 328 aa  190  4e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.99 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 		 331 aa  188  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  37.27 
 
 		 326 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.23 
 
 		 323 aa  186  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.23 
 
 		 323 aa  186  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.12 
 
 		 316 aa  186  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.16 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.95 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 		 328 aa  184  3e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.93 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.04 
 
 		 324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 		 314 aa  179  9e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  34.27 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 		 292 aa  176  7e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.34 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.6 
 
 		 318 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01011  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.97 
 
 		 324 aa  174  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.31 
 
 		 324 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690036  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 		 324 aa  169  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.97 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 		 304 aa  169  8e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0778  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 		 316 aa  168  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00475764  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.75 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.473487  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.65 
 
 		 316 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 		 296 aa  166  8e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 		 316 aa  166  8e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.49 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.76 
 
 		 312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>