More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1006 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1006  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
601 aa  1122  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.155434  decreased coverage  0.00194225 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.95 
 
 
743 aa  248  3e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3143  diguanylate phosphodiesterase  43.19 
 
 
425 aa  209  9e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.186111  normal  0.375725 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4732  diguanylate phosphodiesterase  37.03 
 
 
408 aa  177  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1667  diguanylate phosphodiesterase  36.03 
 
 
402 aa  150  9e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1320  diguanylate phosphodiesterase  34.24 
 
 
430 aa  147  7e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.463856 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  33.48 
 
 
284 aa  123  1e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.9 
 
 
797 aa  122  1e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.02 
 
 
611 aa  120  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.37 
 
 
599 aa  119  2e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 
883 aa  117  4e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.34 
 
 
590 aa  117  4e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.95 
 
 
596 aa  117  7e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
766 aa  117  7e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.34 
 
 
590 aa  116  1e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.96 
 
 
627 aa  114  4e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.2 
 
 
613 aa  113  8e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 
590 aa  113  1e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.17 
 
 
409 aa  112  1e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.06 
 
 
580 aa  112  2e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 
584 aa  112  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.86 
 
 
615 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.23 
 
 
582 aa  111  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.86 
 
 
613 aa  110  7e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.86 
 
 
613 aa  110  7e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.33 
 
 
590 aa  110  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  34.66 
 
 
306 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.08 
 
 
601 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.56 
 
 
786 aa  108  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.62 
 
 
581 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.42 
 
 
592 aa  108  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.44 
 
 
753 aa  107  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 
632 aa  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.03 
 
 
612 aa  107  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  33.33 
 
 
351 aa  107  7e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
612 aa  107  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.39 
 
 
605 aa  107  8e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.08 
 
 
613 aa  106  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
379 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
612 aa  104  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 
585 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.93 
 
 
584 aa  104  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 
585 aa  104  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 
585 aa  104  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  8.68734e-06  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 
637 aa  104  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.75 
 
 
357 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 
585 aa  103  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.37032e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 
583 aa  103  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.32 
 
 
773 aa  103  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 
583 aa  103  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  34.09 
 
 
239 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.06 
 
 
584 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  31.06 
 
 
584 aa  102  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.29 
 
 
616 aa  102  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.8 
 
 
475 aa  101  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 
598 aa  101  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
437 aa  100  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  37.77 
 
 
361 aa  100  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.29 
 
 
616 aa  100  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
606 aa  99  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.17 
 
 
610 aa  98.6  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 
572 aa  98.6  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.17 
 
 
633 aa  97.8  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  30.6 
 
 
546 aa  97.1  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
594 aa  96.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
594 aa  96.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0836  diguanylate phosphodiesterase  28.45 
 
 
252 aa  96.3  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.861332  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  30.97 
 
 
588 aa  96.3  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  31.06 
 
 
584 aa  96.3  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 
877 aa  95.5  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.06 
 
 
900 aa  95.9  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
610 aa  96.3  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  30.6 
 
 
546 aa  95.5  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.75 
 
 
736 aa  95.9  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 
587 aa  95.1  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  35.25 
 
 
432 aa  94.7  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.09 
 
 
641 aa  94  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
257 aa  94  8e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  34.27 
 
 
356 aa  93.6  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  30.94 
 
 
259 aa  93.2  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  36.48 
 
 
367 aa  93.2  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0086  PAS:GGDEF  33.47 
 
 
639 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  34.63 
 
 
254 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  26.2 
 
 
362 aa  92.4  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  32.48 
 
 
254 aa  92.4  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  28.76 
 
 
534 aa  91.3  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  28.76 
 
 
534 aa  91.3  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  28.76 
 
 
534 aa  91.3  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  33.33 
 
 
257 aa  91.3  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  26.2 
 
 
360 aa  91.3  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
764 aa  91.3  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3572  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 
658 aa  91.3  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6906  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 
310 aa  90.9  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8060  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  32.63 
 
 
870 aa  90.9  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  34.12 
 
 
428 aa  90.9  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35 
 
 
447 aa  90.5  8e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  34.12 
 
 
428 aa  90.5  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.58 
 
 
766 aa  90.1  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0242  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.07 
 
 
631 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00436408  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.19 
 
 
943 aa  89.7  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0503799  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>