145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0261 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 179 aa  357  5e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  42.46 
 
 		 182 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  37.3 
 
 		 177 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  34.64 
 
 		 178 aa  101  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  37.29 
 
 		 204 aa  99.8  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  35.76 
 
 		 184 aa  94.7  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  36.87 
 
 		 177 aa  94.4  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  33.73 
 
 		 184 aa  93.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  38.42 
 
 		 183 aa  92.8  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  36.41 
 
 		 184 aa  91.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  36.41 
 
 		 184 aa  91.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  36.26 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  34.08 
 
 		 184 aa  87.8  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  34.25 
 
 		 177 aa  87  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  34.57 
 
 		 178 aa  85.5  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  36.42 
 
 		 178 aa  85.9  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  34.07 
 
 		 179 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  31.46 
 
 		 199 aa  84.7  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  38.12 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  33.9 
 
 		 179 aa  82  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  35.4 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  34.57 
 
 		 178 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  34.57 
 
 		 179 aa  81.3  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  35.19 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  33.95 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  36.81 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  33.74 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  35.16 
 
 		 178 aa  77.4  0.00000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  34.34 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  31.67 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  30 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  35.88 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  32.22 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  35.14 
 
 		 188 aa  74.3  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  35.33 
 
 		 191 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 		 183 aa  73.6  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  33.75 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  28.02 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  33.75 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  33.75 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  27.47 
 
 		 187 aa  72  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  36.31 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.93 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  26.14 
 
 		 171 aa  67.8  0.00000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  28.43 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30.9 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  32.96 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  21.55 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  21.98 
 
 		 174 aa  64.7  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  34.25 
 
 		 180 aa  64.3  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 		 188 aa  64.3  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  33.12 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  24.46 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  36.3 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  21.79 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  23.89 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  32.24 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  26.26 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  22.28 
 
 		 171 aa  62  0.000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  26.49 
 
 		 187 aa  62  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  28.09 
 
 		 186 aa  61.2  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  30.32 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  28.87 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  30.32 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  25.68 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  26.34 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  19.78 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  26.23 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  32.5 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  32.5 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  29.57 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  29.41 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  27.47 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  29.35 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  25.7 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  23.46 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  26.56 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  23.7 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  29.01 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  33.81 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  33.81 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  26.23 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  27.22 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  28.67 
 
 		 192 aa  53.9  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  27.22 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  27.22 
 
 		 181 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  27.22 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  27.22 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>