More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3249 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_3249  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 421 aa  875    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0302  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  69.06 
 
 		 419 aa  619  1e-176  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28180  diaminopimelate decarboxylase  67.88 
 
 		 432 aa  612  9.999999999999999e-175  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000200142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1405  diaminopimelate decarboxylase  62.83 
 
 		 419 aa  556  1e-157  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0514  Diaminopimelate decarboxylase  58.45 
 
 		 434 aa  505  9.999999999999999e-143  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00534186 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0299  diaminopimelate decarboxylase  58.45 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000126182  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  57.91 
 
 		 416 aa  498  1e-140  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0628  diaminopimelate decarboxylase  58.44 
 
 		 420 aa  496  1e-139  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  56.86 
 
 		 420 aa  493  9.999999999999999e-139  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1225  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.12 
 
 		 413 aa  424  1e-117  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00760  diaminopimelate decarboxylase  49.53 
 
 		 445 aa  419  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1355  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.15 
 
 		 421 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.146910000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2135  diaminopimelate decarboxylase  46.41 
 
 		 418 aa  378  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329469  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2859  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.65 
 
 		 421 aa  373  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000208534  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  31.05 
 
 		 402 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  32.2 
 
 		 430 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  30.62 
 
 		 429 aa  196  9e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  30.62 
 
 		 433 aa  191  2e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  31.77 
 
 		 386 aa  189  9e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  30.65 
 
 		 409 aa  188  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 		 386 aa  187  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  30.22 
 
 		 416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  31.46 
 
 		 430 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  30.35 
 
 		 425 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  30.66 
 
 		 430 aa  180  4.999999999999999e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  29.6 
 
 		 406 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  31.03 
 
 		 382 aa  172  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  29.1 
 
 		 424 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  27.83 
 
 		 421 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  29.15 
 
 		 410 aa  167  5e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  30.57 
 
 		 420 aa  165  1.0000000000000001e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  31.95 
 
 		 407 aa  166  1.0000000000000001e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 		 434 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  31.65 
 
 		 435 aa  164  3e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  29.24 
 
 		 407 aa  164  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  28.47 
 
 		 398 aa  163  4.0000000000000004e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  29.65 
 
 		 410 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  31.52 
 
 		 420 aa  162  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  28.99 
 
 		 434 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  29.34 
 
 		 410 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  29.43 
 
 		 402 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  29.43 
 
 		 402 aa  161  2e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  29.51 
 
 		 412 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  29.33 
 
 		 393 aa  161  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  31.33 
 
 		 412 aa  160  4e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 		 399 aa  160  4e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  30.67 
 
 		 440 aa  160  4e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  29.48 
 
 		 402 aa  160  5e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  29.85 
 
 		 401 aa  159  7e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 		 410 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  29.06 
 
 		 448 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  27.64 
 
 		 441 aa  158  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  28.74 
 
 		 445 aa  158  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 419 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  32.27 
 
 		 415 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  30.35 
 
 		 431 aa  156  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  32.6 
 
 		 415 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  32.6 
 
 		 415 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  31.77 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  30.24 
 
 		 412 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  32.6 
 
 		 415 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 		 436 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  28.85 
 
 		 425 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 		 418 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  30.34 
 
 		 436 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 		 412 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  29.78 
 
 		 401 aa  154  4e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  31.59 
 
 		 436 aa  154  4e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  29.1 
 
 		 418 aa  154  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  29.19 
 
 		 440 aa  153  7e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  28.05 
 
 		 420 aa  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  28.22 
 
 		 421 aa  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  28.4 
 
 		 420 aa  152  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  28.29 
 
 		 420 aa  152  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  28.78 
 
 		 420 aa  152  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  28.05 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  28.05 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  28.05 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  28.05 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  29.53 
 
 		 416 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  28.05 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  28.03 
 
 		 453 aa  151  2e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  30.4 
 
 		 420 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  32.2 
 
 		 416 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  30.28 
 
 		 416 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 412 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 412 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  28.04 
 
 		 406 aa  151  3e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 		 420 aa  150  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 		 420 aa  150  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  28.74 
 
 		 420 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 412 aa  149  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  28.67 
 
 		 415 aa  149  9e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  29.78 
 
 		 443 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  28.9 
 
 		 859 aa  148  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  27.57 
 
 		 418 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  32.36 
 
 		 415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  28.27 
 
 		 420 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  29.9 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  27.48 
 
 		 859 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>