More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2659 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 324 aa  670    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1273  dihydrouridine synthase family protein  38.64 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.843625  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1054  dihydrouridine synthase DuS  33.98 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1482  dihydrouridine synthase family protein  37.99 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000217324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1884  dihydrouridine synthase DuS  33.12 
 
 		 318 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000236711  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  28.62 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  28.1 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  25.32 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  28.32 
 
 		 341 aa  112  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  27.96 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  28.43 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.6 
 
 		 346 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.74 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.36 
 
 		 370 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  26.11 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.22 
 
 		 351 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  29.39 
 
 		 336 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  27.83 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2986  dihydrouridine synthase, DuS  32.04 
 
 		 219 aa  95.9  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  27.59 
 
 		 349 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  28.81 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.2 
 
 		 348 aa  94.4  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  25.53 
 
 		 340 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.08 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  30.09 
 
 		 347 aa  93.2  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  28.68 
 
 		 324 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  30.42 
 
 		 314 aa  92.4  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  29.8 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  31.76 
 
 		 378 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.57 
 
 		 349 aa  91.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  30.9 
 
 		 384 aa  90.1  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  29.69 
 
 		 329 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.32 
 
 		 352 aa  90.5  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  27.27 
 
 		 335 aa  90.1  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  28.32 
 
 		 319 aa  89.7  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  27.97 
 
 		 325 aa  89.7  6e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  28.02 
 
 		 332 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  28.02 
 
 		 332 aa  89.4  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.87 
 
 		 330 aa  89  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  27 
 
 		 320 aa  89  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  30.34 
 
 		 336 aa  88.6  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  28.02 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  28.02 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  28.02 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  24.68 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  27.59 
 
 		 332 aa  87.8  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  28.02 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  30.13 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  28.02 
 
 		 332 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  28.02 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  28.78 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  28.02 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25.84 
 
 		 317 aa  87.8  3e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  28.02 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  27.16 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  29.79 
 
 		 333 aa  86.7  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  28.4 
 
 		 326 aa  86.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  25.84 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  28.51 
 
 		 326 aa  86.7  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  25.22 
 
 		 326 aa  86.3  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  25.22 
 
 		 326 aa  86.3  6e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.4 
 
 		 328 aa  86.3  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  26.61 
 
 		 319 aa  86.3  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  28.8 
 
 		 318 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  28.17 
 
 		 344 aa  85.9  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  30.93 
 
 		 356 aa  85.9  9e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.56 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  26.97 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.06 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25.55 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.1 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  28.57 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.16 
 
 		 327 aa  85.5  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.34 
 
 		 327 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  27.19 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  28.57 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.82 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  28.19 
 
 		 352 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  29.22 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  29.57 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  27.99 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  26.72 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.64 
 
 		 338 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  27.75 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  30.17 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  25.37 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  26.56 
 
 		 378 aa  83.6  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  30 
 
 		 326 aa  83.6  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  27.57 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  29 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  26.64 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.83 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.11 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.19 
 
 		 347 aa  82.8  0.000000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  29.36 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  26.11 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.99 
 
 		 327 aa  82.4  0.000000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.9 
 
 		 334 aa  82.4  0.000000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  27.13 
 
 		 356 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>