139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_47 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0047  DNA polymerase III delta subunit-related protein  95.74 
 
 
399 aa  767    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00913059  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_47  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 
419 aa  862    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000202582  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0044  DNA polymerase III, delta subunit  87.43 
 
 
342 aa  618  1e-176  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000438472  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2973  DNA polymerase III, delta subunit  29.12 
 
 
324 aa  141  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000221359 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4260  DNA polymerase III, delta subunit  26.33 
 
 
323 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3192  DNA polymerase III, delta subunit  28.07 
 
 
354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000207223  normal  0.0841532 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3075  DNA polymerase III, delta subunit  27.57 
 
 
315 aa  116  7.999999999999999e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000036033  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3265  DNA polymerase III, delta subunit  27.3 
 
 
378 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1588  DNA polymerase III delta subunit-like protein  25.07 
 
 
325 aa  110  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0554592  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2447  DNA polymerase III subunit delta  23.96 
 
 
344 aa  99.8  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000860217  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  25.73 
 
 
332 aa  92.8  9e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  29.13 
 
 
335 aa  91.3  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  26.14 
 
 
348 aa  90.5  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  24.27 
 
 
331 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  25.29 
 
 
332 aa  87.8  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  23.32 
 
 
336 aa  86.7  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  27.64 
 
 
336 aa  86.3  9e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  27.75 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  27.75 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  27.75 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  27.64 
 
 
336 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  27.64 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  27.75 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  27.75 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  24.5 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0946  DNA polymerase III, delta subunit  21.14 
 
 
331 aa  85.5  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  27.64 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  27.64 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  28.79 
 
 
330 aa  83.2  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1962  DNA polymerase III, delta subunit  23.96 
 
 
325 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1954  DNA polymerase III, delta subunit  24.26 
 
 
339 aa  82  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2091  DNA polymerase III, delta subunit  23.1 
 
 
338 aa  82  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000184511  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  26.07 
 
 
329 aa  82  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  23.68 
 
 
337 aa  80.9  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1518  DNA polymerase III, delta subunit  30.65 
 
 
306 aa  74.3  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.215  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1415  DNA polymerase III, delta subunit  23.89 
 
 
330 aa  73.9  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.31648e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2506  DNA polymerase III, delta subunit  23.7 
 
 
346 aa  73.6  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  24.62 
 
 
334 aa  72.8  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  26.07 
 
 
329 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1175  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 
334 aa  71.6  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  hitchhiker  0.00030796 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1040  DNA polymerase III, delta subunit  23.67 
 
 
342 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000902231  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  30.95 
 
 
345 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2328  DNA polymerase III, delta subunit  24.07 
 
 
338 aa  68.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.188166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  34.19 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  21.64 
 
 
337 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1185  DNA polymerase III, delta subunit  21.19 
 
 
337 aa  67.8  0.0000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  28.09 
 
 
351 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4684  DNA polymerase III subunit delta  27.04 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  33.33 
 
 
345 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1937  DNA polymerase III, delta subunit  25.61 
 
 
344 aa  67  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156014  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  23.48 
 
 
342 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1644  DNA polymerase III subunit delta  23.12 
 
 
324 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.240012  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1679  DNA polymerase III subunit delta  23.12 
 
 
324 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348184  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  33.04 
 
 
345 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  33.04 
 
 
345 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  33.04 
 
 
351 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1154  DNA polymerase III subunit delta  22 
 
 
324 aa  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.740114  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  28.43 
 
 
338 aa  63.5  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  30.43 
 
 
337 aa  63.5  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2300  DNA polymerase III subunit delta  22.35 
 
 
348 aa  62.8  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0478534  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2015  DNA polymerase III subunit delta  22.73 
 
 
348 aa  62.8  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2629  DNA polymerase III, delta subunit  23.48 
 
 
350 aa  62.4  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000921184  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0745  DNA polymerase III, delta subunit  28.21 
 
 
312 aa  62  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1251  DNA polymerase III, delta subunit  20.99 
 
 
341 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2356  DNA polymerase III, delta subunit  24.32 
 
 
374 aa  61.6  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  21.86 
 
 
336 aa  60.8  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1105  DNA polymerase III, delta subunit  21.28 
 
 
328 aa  60.8  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00460832  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2007  DNA polymerase III, delta subunit  29.88 
 
 
336 aa  60.1  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0773552  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2577  DNA polymerase III, delta subunit  25.23 
 
 
346 aa  58.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  26.95 
 
 
345 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2917  DNA polymerase III, delta subunit  29.77 
 
 
342 aa  58.2  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  26.97 
 
 
345 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  25.71 
 
 
340 aa  57.4  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1065  DNA polymerase III, delta subunit  25.7 
 
 
339 aa  57.8  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.251286 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10260  DNA polymerase III, delta subunit  25.65 
 
 
327 aa  57.8  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00535946  hitchhiker  0.0000000366409 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2130  DNA polymerase III, delta subunit  27.83 
 
 
358 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0903224 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1655  DNA polymerase III, delta subunit  25.18 
 
 
328 aa  57.4  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  hitchhiker  0.00217926 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0260  DNA polymerase III, delta subunit  27.14 
 
 
346 aa  57  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.389974  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0224  DNA polymerase III, delta subunit  27.47 
 
 
346 aa  57  0.0000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2150  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 
348 aa  55.8  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1819  DNA polymerase III subunit delta  23.91 
 
 
334 aa  55.5  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0075815  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  27.39 
 
 
336 aa  54.7  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  31.5 
 
 
346 aa  54.7  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5512  DNA polymerase III, delta subunit  22.94 
 
 
318 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.504789 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  28.21 
 
 
348 aa  54.3  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6524  DNA polymerase III, delta subunit  24.49 
 
 
331 aa  54.3  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0043  DNA polymerase III, delta subunit  20.66 
 
 
323 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0736782  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2201  DNA polymerase III, delta subunit  25.53 
 
 
348 aa  53.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.638698 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  22.77 
 
 
320 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0457  DNA polymerase III, delta subunit  26.27 
 
 
330 aa  51.2  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199837  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  26.27 
 
 
330 aa  51.2  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3469  DNA polymerase III subunit delta  26.05 
 
 
329 aa  51.2  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.206269  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  25.27 
 
 
330 aa  50.8  0.00004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3146  DNA polymerase III subunit delta  34.11 
 
 
341 aa  51.2  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0703  DNA polymerase III subunit delta  33.08 
 
 
343 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0770621  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0762  DNA polymerase III subunit delta  33.08 
 
 
343 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0689  DNA polymerase III subunit delta  33.08 
 
 
343 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00596065  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0749  DNA polymerase III subunit delta  33.08 
 
 
343 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0941717  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0806  DNA polymerase III subunit delta  33.08 
 
 
343 aa  49.7  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2986  DNA polymerase III, delta subunit  32.31 
 
 
343 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>