More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1628 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.73 
 
 
883 aa  860    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.6 
 
 
786 aa  671    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
766 aa  1578    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.72 
 
 
753 aa  733    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.51 
 
 
797 aa  802    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.76 
 
 
773 aa  620  1e-176  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  34.66 
 
 
590 aa  341  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  34.48 
 
 
590 aa  337  5e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  34.38 
 
 
582 aa  332  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 
581 aa  331  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
584 aa  330  9e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 
632 aa  328  3e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
590 aa  325  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 
592 aa  322  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.82 
 
 
596 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.16 
 
 
599 aa  320  7e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.53 
 
 
584 aa  318  3e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  33.16 
 
 
601 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 
585 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 
584 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 
585 aa  313  9e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 
584 aa  313  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 
585 aa  313  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
584 aa  312  2e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.93 
 
 
585 aa  311  4e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 
583 aa  310  5e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 
583 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 
572 aa  308  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.01 
 
 
580 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 
590 aa  291  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.43 
 
 
606 aa  290  6e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
605 aa  285  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.57 
 
 
611 aa  271  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.2 
 
 
637 aa  256  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.68 
 
 
599 aa  253  8.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.15 
 
 
633 aa  252  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.27 
 
 
610 aa  252  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.08 
 
 
603 aa  251  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.62 
 
 
616 aa  249  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.45 
 
 
616 aa  248  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.52 
 
 
598 aa  247  4.9999999999999997e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.65 
 
 
610 aa  247  6e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.65 
 
 
587 aa  247  6.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.41 
 
 
1023 aa  247  6.999999999999999e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.84 
 
 
627 aa  246  8e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.26 
 
 
612 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.98 
 
 
633 aa  246  9.999999999999999e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.04 
 
 
612 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.04 
 
 
612 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.01 
 
 
613 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.01 
 
 
613 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.62 
 
 
615 aa  244  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.23 
 
 
613 aa  243  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  29.46 
 
 
590 aa  243  1e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.53 
 
 
613 aa  242  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.29 
 
 
676 aa  241  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.28 
 
 
594 aa  238  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.28 
 
 
594 aa  238  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.35 
 
 
1036 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.44 
 
 
409 aa  222  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  37.46 
 
 
306 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  37.13 
 
 
379 aa  198  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  37.13 
 
 
357 aa  197  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  37.04 
 
 
437 aa  196  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 
806 aa  192  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.03 
 
 
594 aa  180  7e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  39.32 
 
 
475 aa  171  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
353 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 
310 aa  168  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.54 
 
 
443 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  33.19 
 
 
284 aa  163  9e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.6 
 
 
351 aa  161  4e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  34.02 
 
 
367 aa  160  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 
443 aa  159  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.4 
 
 
318 aa  159  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 
441 aa  158  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.99 
 
 
565 aa  153  8.999999999999999e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
462 aa  153  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  32.79 
 
 
343 aa  152  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  41.3 
 
 
436 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.66 
 
 
552 aa  148  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  41.85 
 
 
442 aa  147  8.000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  34.33 
 
 
356 aa  147  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.91 
 
 
734 aa  146  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  37.68 
 
 
442 aa  145  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  32.22 
 
 
413 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  34.89 
 
 
352 aa  145  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
340 aa  145  3e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  35.81 
 
 
259 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  34.56 
 
 
256 aa  144  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 
413 aa  143  9e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  29.11 
 
 
362 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 
246 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 
246 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  34.85 
 
 
416 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.46 
 
 
1131 aa  141  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  36.41 
 
 
258 aa  141  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  29.11 
 
 
360 aa  141  3.9999999999999997e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  36.41 
 
 
258 aa  141  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
410 aa  141  4.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>