More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1482 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1482  dihydrouridine synthase family protein  100 
 
 		 321 aa  652    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000217324  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1273  dihydrouridine synthase family protein  94.7 
 
 		 321 aa  598  1e-170  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.843625  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1054  dihydrouridine synthase DuS  58.2 
 
 		 311 aa  406  1.0000000000000001e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1884  dihydrouridine synthase DuS  55.56 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000236711  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  37.99 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  26.21 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  25.83 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  35.02 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  24.6 
 
 		 333 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.35 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.97 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.27 
 
 		 370 aa  106  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  30.25 
 
 		 342 aa  105  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  29.29 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  30.13 
 
 		 335 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0734  tRNA-dihydrouridine synthase  30.21 
 
 		 365 aa  103  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  30.13 
 
 		 319 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  24.76 
 
 		 362 aa  101  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  26.01 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  23.08 
 
 		 378 aa  100  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  30.13 
 
 		 323 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  28.97 
 
 		 323 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  31.6 
 
 		 319 aa  99  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  27.03 
 
 		 347 aa  98.6  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  30.13 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  25.4 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  25.64 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.09 
 
 		 353 aa  97.8  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  29.71 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  29.44 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  24.59 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  30.77 
 
 		 319 aa  97.1  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  28.57 
 
 		 333 aa  97.4  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  24.43 
 
 		 342 aa  97.1  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  29.87 
 
 		 344 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  24.59 
 
 		 319 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  25.11 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  23.68 
 
 		 347 aa  94.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  31.06 
 
 		 338 aa  94.7  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  29.05 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  27.54 
 
 		 340 aa  93.6  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  30.58 
 
 		 314 aa  92.8  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  26.78 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  28.22 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  23 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  28.87 
 
 		 329 aa  91.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.16 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.34 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  24.92 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.32 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.91 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.24 
 
 		 358 aa  91.3  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.85 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.07 
 
 		 352 aa  90.5  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  25 
 
 		 346 aa  90.5  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  25.16 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  26.2 
 
 		 384 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  24.2 
 
 		 322 aa  89.4  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  26.09 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25.25 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  26.58 
 
 		 340 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  23.7 
 
 		 325 aa  89  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1428  tRNA-dihydrouridine synthase  27.51 
 
 		 330 aa  88.6  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.874518  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  23.34 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  25.21 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  27.78 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  27.64 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  27.72 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.79 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.89 
 
 		 327 aa  87  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1712  dihydrouridine synthase DuS  29.24 
 
 		 309 aa  87  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00468676  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  24.02 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  24.67 
 
 		 326 aa  87.4  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  25.64 
 
 		 332 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  27.59 
 
 		 319 aa  87.4  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  23.58 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  25.64 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  25.54 
 
 		 337 aa  87  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  26.81 
 
 		 333 aa  86.7  5e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  25.47 
 
 		 325 aa  86.7  5e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  27.59 
 
 		 329 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  27.59 
 
 		 329 aa  86.7  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  26.52 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.97 
 
 		 328 aa  86.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.19 
 
 		 333 aa  86.3  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  25.54 
 
 		 319 aa  86.3  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  27.16 
 
 		 329 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  27.21 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  27.21 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  23.61 
 
 		 325 aa  85.9  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.33 
 
 		 330 aa  85.5  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.69 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0366  hypothetical protein  26.72 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.39 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  26.56 
 
 		 326 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0302  dihydrouridine synthase  26.72 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  25.1 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  27.62 
 
 		 326 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  27.62 
 
 		 326 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  23.53 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>