More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6012 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  95.5 
 
 
498 aa  844    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  95.72 
 
 
498 aa  842    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  98.8 
 
 
499 aa  971    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  91.53 
 
 
499 aa  867    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  90.16 
 
 
502 aa  855    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  74.29 
 
 
510 aa  665    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.58 
 
 
493 aa  718    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
499 aa  984    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  72.57 
 
 
508 aa  684    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  55.81 
 
 
477 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.97 
 
 
472 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  58.97 
 
 
472 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  56.03 
 
 
477 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.37 
 
 
472 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.32 
 
 
472 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  56.31 
 
 
480 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  47.95 
 
 
496 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.9 
 
 
517 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.43 
 
 
486 aa  414  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  46.59 
 
 
477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.19 
 
 
493 aa  327  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.05 
 
 
466 aa  325  2e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.1 
 
 
483 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.01 
 
 
480 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.87 
 
 
473 aa  289  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.47 
 
 
478 aa  260  5.0000000000000005e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.55 
 
 
467 aa  250  5e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.55 
 
 
497 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.55 
 
 
497 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.27 
 
 
473 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.43 
 
 
472 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  36.43 
 
 
473 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.69 
 
 
484 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  35.32 
 
 
465 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.34 
 
 
465 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  35.93 
 
 
470 aa  226  6e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.55 
 
 
462 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.93 
 
 
471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.91 
 
 
471 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.91 
 
 
471 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.18 
 
 
471 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.74 
 
 
497 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  33.61 
 
 
503 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.98 
 
 
502 aa  208  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
482 aa  206  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.74 
 
 
473 aa  206  7e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.99 
 
 
489 aa  203  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.99 
 
 
479 aa  202  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34 
 
 
512 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  34.99 
 
 
472 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  33.88 
 
 
472 aa  199  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.62 
 
 
512 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.29 
 
 
494 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.09 
 
 
514 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.57 
 
 
520 aa  195  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
493 aa  195  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
460 aa  194  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  31.33 
 
 
512 aa  194  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
486 aa  192  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.71 
 
 
509 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.38 
 
 
485 aa  190  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.61 
 
 
531 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  38.57 
 
 
482 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 
497 aa  187  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.04 
 
 
525 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  29.21 
 
 
558 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.2 
 
 
495 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  28.69 
 
 
569 aa  183  7e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.28 
 
 
495 aa  183  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.82 
 
 
501 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.05 
 
 
504 aa  178  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.49 
 
 
541 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.21 
 
 
512 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.9 
 
 
482 aa  178  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.34 
 
 
495 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.21 
 
 
513 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.89 
 
 
518 aa  177  5e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.87 
 
 
479 aa  176  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  32.19 
 
 
479 aa  176  8e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.17 
 
 
511 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.64 
 
 
547 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.06 
 
 
509 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
494 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.83 
 
 
517 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.35 
 
 
493 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.62 
 
 
517 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.53 
 
 
513 aa  173  5.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  29.07 
 
 
483 aa  173  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.57 
 
 
480 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  34.16 
 
 
499 aa  172  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
507 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
482 aa  171  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
503 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.47 
 
 
503 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  28.05 
 
 
518 aa  170  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.68 
 
 
569 aa  170  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.64 
 
 
496 aa  169  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.64 
 
 
496 aa  169  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
503 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.84 
 
 
483 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>