More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5609 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  100 
 
 		 727 aa  1488    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  60.98 
 
 		 742 aa  875    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  60.41 
 
 		 734 aa  879    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  62.26 
 
 		 737 aa  907    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  55.95 
 
 		 726 aa  822    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  60.97 
 
 		 736 aa  889    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  41.87 
 
 		 700 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  40.87 
 
 		 713 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  40.21 
 
 		 715 aa  490  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  40.06 
 
 		 698 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  41.04 
 
 		 733 aa  487  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  40.39 
 
 		 714 aa  486  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  38.77 
 
 		 716 aa  483  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  38.73 
 
 		 717 aa  485  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  39.02 
 
 		 702 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  38.53 
 
 		 706 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  40.12 
 
 		 681 aa  426  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  39.63 
 
 		 664 aa  405  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  37.65 
 
 		 692 aa  398  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  35.4 
 
 		 681 aa  378  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  37.56 
 
 		 678 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  34.4 
 
 		 712 aa  353  5e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  34.91 
 
 		 690 aa  313  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  34.33 
 
 		 688 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  34.45 
 
 		 690 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 718 aa  289  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 702 aa  283  6.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 		 708 aa  271  4e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  31.18 
 
 		 715 aa  262  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 785 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 787 aa  247  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 740 aa  246  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 786 aa  237  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 720 aa  232  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 800 aa  229  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 739 aa  213  7e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  27.69 
 
 		 712 aa  190  8e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 700 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 700 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.15 
 
 		 728 aa  166  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 700 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 700 aa  165  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 700 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 700 aa  164  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  26.38 
 
 		 700 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 700 aa  163  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  26.38 
 
 		 700 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 688 aa  162  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  26.26 
 
 		 706 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  25.91 
 
 		 721 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  25.96 
 
 		 706 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 680 aa  157  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 731 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  26.07 
 
 		 706 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 678 aa  155  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 706 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  25.76 
 
 		 706 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 715 aa  151  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  26.86 
 
 		 797 aa  150  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 770 aa  146  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 694 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 675 aa  142  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 705 aa  139  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.3 
 
 		 681 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 705 aa  134  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 720 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 723 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  24.33 
 
 		 701 aa  131  5.0000000000000004e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.17 
 
 		 726 aa  131  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  25.75 
 
 		 691 aa  130  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 709 aa  130  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 682 aa  130  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.81 
 
 		 710 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 706 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 697 aa  128  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 742 aa  124  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 780 aa  115  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.35 
 
 		 712 aa  114  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  33.48 
 
 		 776 aa  107  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 		 776 aa  105  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  25.23 
 
 		 743 aa  105  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 701 aa  104  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 791 aa  103  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 		 791 aa  102  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 777 aa  101  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 700 aa  99  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 700 aa  99  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 778 aa  98.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 723 aa  98.2  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 777 aa  97.4  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 777 aa  97.4  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  23.82 
 
 		 788 aa  97.4  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 774 aa  97.1  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 769 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  23.36 
 
 		 736 aa  96.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 853 aa  94.4  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  21.86 
 
 		 705 aa  94  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 851 aa  92.8  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  21.37 
 
 		 730 aa  92.4  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3046  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 722 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.770987  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>