100 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Patl_0108  CDS  NC_008228  123970  124719  -  750  peptidylprolyl isomerase  YP_659694  unclonable  0.000000088366  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0183  CDS  NC_008228  216079  217122  +  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_659769  unclonable  0.000000147765  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0251  CDS  NC_008228  292531  293967  -  1437  replicative DNA helicase  YP_659837  unclonable  0.000000686038  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0267  CDS  NC_008228  314049  314855  -  807  hypothetical protein  YP_659853  unclonable  0.0000000450935  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0286  CDS  NC_008228  332361  333713  -  1353  glutamate dehydrogenase  YP_659872  unclonable  0.000000707094  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0334  CDS  NC_008228  389502  391949  +  2448  TonB-dependent receptor  YP_659919  unclonable  0.0000617894  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0470  CDS  NC_008228  548622  549227  +  606  50S ribosomal protein L4  YP_660054  unclonable  0.0000000163865  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0471  CDS  NC_008228  549224  549526  +  303  50S ribosomal protein L23  YP_660055  unclonable  0.00000000395002  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0472  CDS  NC_008228  549541  550365  +  825  50S ribosomal protein L2  YP_660056  unclonable  0.0000000311263  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0607  CDS  NC_008228  701738  702358  +  621  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_660190  unclonable  0.0000000591521  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0648  CDS  NC_008228  749183  750232  -  1050  galactose-1-phosphate uridylyltransferase  YP_660231  unclonable  0.000000133641  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0666  CDS  NC_008228  769036  769551  -  516  shikimate kinase I  YP_660249  unclonable  0.0000000317623  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0726  CDS  NC_008228  823247  824323  +  1077  Type II site-specific deoxyribonuclease  YP_660308  unclonable  0.000000123282  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0767  CDS  NC_008228  875474  878125  +  2652  TonB-dependent receptor  YP_660349  unclonable  0.000108797  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0777  CDS  NC_008228  890327  892759  +  2433  twin-arginine translocation pathway signal  YP_660359  unclonable  0.0000564309  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0809  CDS  NC_008228  937015  940671  -  3657  TonB-dependent receptor  YP_660391  unclonable  0.00325409  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0821  CDS  NC_008228  957359  960598  -  3240  glycoside hydrolase family protein  YP_660403  unclonable  0.00114768  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0822  CDS  NC_008228  960764  961120  +  357  hypothetical protein  YP_660404  unclonable  0.00000000953829  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0823  CDS  NC_008228  961282  962886  +  1605  Alpha-L-fucosidase  YP_660405  unclonable  0.00000144391  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0831  CDS  NC_008228  974691  976304  -  1614  Alpha-L-fucosidase  YP_660413  unclonable  0.00000199076  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0878  CDS  NC_008228  1036136  1036765  +  630  hypothetical protein  YP_660458  unclonable  0.0000000556946  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0946  CDS  NC_008228  1130247  1131113  +  867  beta-lactamase-like  YP_660526  unclonable  0.000000101762  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1041  CDS  NC_008228  1246086  1246301  -  216  30S ribosomal protein S21  YP_660621  unclonable  0.0000000208407  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1110  CDS  NC_008228  1338748  1340625  -  1878  TonB-dependent receptor  YP_660690  unclonable  0.00000459108  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1334  CDS  NC_008228  1598187  1598954  -  768  putative lipoprotein  YP_660914  unclonable  0.0000000708503  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1430  CDS  NC_008228  1718674  1720185  -  1512  putative lipoprotein  YP_661007  unclonable  0.00000120466  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1452  CDS  NC_008228  1746252  1747838  +  1587  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  YP_661029  unclonable  0.00000141499  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1556  CDS  NC_008228  1860166  1861338  -  1173  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_661132  unclonable  0.000000411201  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1557  CDS  NC_008228  1861515  1862480  -  966  rare lipoprotein A  YP_661133  unclonable  0.000000368198  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1571  CDS  NC_008228  1877366  1879336  +  1971  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_661147  unclonable  0.0000144806  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1826  CDS  NC_008228  2196716  2199601  -  2886  TonB-dependent receptor  YP_661400  unclonable  0.000380617  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1827  CDS  NC_008228  2200054  2202789  +  2736  peptidase M14, carboxypeptidase A  YP_661401  unclonable  0.000101368  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1832  CDS  NC_008228  2206622  2207374  -  753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_661406  unclonable  0.0000000715788  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1840  CDS  NC_008228  2225731  2228373  +  2643  TonB-dependent receptor  YP_661414  unclonable  0.00015166  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1966  CDS  NC_008228  2383917  2387639  -  3723  TonB-dependent receptor  YP_661538  unclonable  0.00321927  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1993  CDS  NC_008228  2422147  2424186  +  2040  carboxy-terminal protease  YP_661565  unclonable  0.00000930411  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1998  CDS  NC_008228  2430380  2432446  +  2067  hypothetical protein  YP_661570  unclonable  0.00000875403  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
 
Patl_2121  CDS  NC_008228  2569883  2570122  -  240  acyl carrier protein  YP_661693  unclonable  0.00000000862864  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2451  CDS  NC_008228  2982284  2982952  +  669  hypothetical protein  YP_662021  unclonable  0.00000005036  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2452  CDS  NC_008228  2983028  2983417  +  390  DsrE-like protein  YP_662022  unclonable  0.0000000223621  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2460  CDS  NC_008228  2988301  2990814  -  2514  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_662030  unclonable  0.0000438856  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2461  CDS  NC_008228  2990939  2991424  -  486  leucine-responsive transcriptional regulator  YP_662031  unclonable  0.000000018296  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2462  CDS  NC_008228  2991575  2992705  +  1131  alanine dehydrogenase  YP_662032  unclonable  0.000000220592  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2463  CDS  NC_008228  2992813  2993508  -  696  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_662033  unclonable  0.0000000296014  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2464  CDS  NC_008228  2993515  2994684  -  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_662034  unclonable  0.000000301038  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2465  CDS  NC_008228  2995156  2995446  -  291  integration host factor subunit beta  YP_662035  unclonable  0.00000000804162  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2492  CDS  NC_008228  3023111  3025576  +  2466  acyl-CoA dehydrogenase  YP_662062  unclonable  0.0000835865  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2547  CDS  NC_008228  3089048  3091822  -  2775  TonB-dependent receptor  YP_662117  unclonable  0.000166222  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2557  CDS  NC_008228  3100960  3102069  -  1110  biotin synthase  YP_662127  unclonable  0.0000000730416  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2756  CDS  NC_008228  3345789  3348014  -  2226  TonB-dependent receptor, plug  YP_662321  unclonable  0.0000284329  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2777  CDS  NC_008228  3369555  3371024  -  1470  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_662342  unclonable  0.000000975793  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2778  CDS  NC_008228  3371259  3372299  -  1041  succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase  YP_662343  unclonable  0.000000135015  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2779  CDS  NC_008228  3372302  3373210  -  909  alpha-L-glutamate ligase  YP_662344  unclonable  0.0000000513891  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2856  CDS  NC_008228  3462220  3463617  -  1398  hypothetical protein  YP_662418  unclonable  0.000000975793  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2865  CDS  NC_008228  3475211  3477607  +  2397  TonB-dependent receptor  YP_662427  unclonable  0.0000308376  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2866  CDS  NC_008228  3477914  3478255  +  342  hypothetical protein  YP_662428  unclonable  0.0000000139541  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2904  CDS  NC_008228  3517075  3519819  +  2745  TonB-dependent receptor  YP_662466  unclonable  0.000193402  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2954  CDS  NC_008228  3576185  3577828  +  1644  peptidase M28  YP_662516  unclonable  0.00000316234  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2964  CDS  NC_008228  3588554  3589915  -  1362  MATE efflux family protein  YP_662526  unclonable  0.000000632854  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2993  CDS  NC_008228  3617682  3620582  -  2901  TonB-dependent receptor  YP_662555  unclonable  0.000340556  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3132  CDS  NC_008228  3773178  3775061  -  1884  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_662692  unclonable  0.00000394697  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3133  CDS  NC_008228  3775231  3775503  -  273  histone-like DNA-binding protein  YP_662693  unclonable  0.0000000045924  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3134  CDS  NC_008228  3775742  3778108  -  2367  ATP-dependent protease La  YP_662694  unclonable  0.0000324341  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3151  CDS  NC_008228  3794371  3796167  -  1797  GTP-binding protein LepA  YP_662711  unclonable  0.00000523336  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3153  CDS  NC_008228  3796856  3797857  -  1002  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  YP_662713  unclonable  0.000000122027  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3154  CDS  NC_008228  3797898  3798500  -  603  sigma-E factor negative regulatory protein  YP_662714  unclonable  0.0000000214803  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3225  CDS  NC_008228  3874320  3875657  -  1338  hypothetical protein  YP_662785  unclonable  0.000000847331  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3226  CDS  NC_008228  3876057  3877016  -  960  hypothetical protein  YP_662786  unclonable  0.000000103936  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3278  CDS  NC_008228  3933837  3936857  -  3021  TonB-dependent receptor  YP_662838  unclonable  0.000542759  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3313  CDS  NC_008228  3974674  3976062  -  1389  phosphate-selective porin O and P  YP_662873  unclonable  0.000000918115  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3353  CDS  NC_008228  4020808  4022889  +  2082  endothelin-converting protein 1  YP_662913  unclonable  0.0000120839  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3354  CDS  NC_008228  4022973  4023293  +  321  hypothetical protein  YP_662914  unclonable  0.00000000804162  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3355  CDS  NC_008228  4023290  4024231  -  942  alpha/beta hydrolase fold  YP_662915  unclonable  0.000000102808  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3356  CDS  NC_008228  4024357  4025187  +  831  putative signal transduction protein  YP_662916  unclonable  0.000000102808  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3357  CDS  NC_008228  4025291  4026097  +  807  putative salt-induced outer membrane protein  YP_662917  unclonable  0.000000088366  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3418  CDS  NC_008228  4094239  4096446  +  2208  organic solvent tolerance protein  YP_662978  unclonable  0.0000112563  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3425  CDS  NC_008228  4103318  4104676  -  1359  aspartate kinase III  YP_662985  unclonable  0.00000055532  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3459  CDS  NC_008228  4151323  4153071  +  1749  gamma-glutamyltransferase  YP_663015  unclonable  0.00000240901  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3498  CDS  NC_008228  4202361  4202969  -  609  multiple antibiotic resistance (MarC)-related proteins  YP_663054  unclonable  0.000000046015  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3513  CDS  NC_008228  4217612  4218526  -  915  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_663069  unclonable  0.000000120785  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3627  CDS  NC_008228  4365763  4367997  +  2235  TonB-dependent receptor  YP_663183  unclonable  0.0000139063  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3638  CDS  NC_008228  4382227  4385208  +  2982  TonB-dependent receptor  YP_663194  unclonable  0.000344146  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3650  CDS  NC_008228  4399376  4402414  +  3039  TonB-dependent receptor  YP_663206  unclonable  0.000400327  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3666  CDS  NC_008228  4423032  4423937  +  906  alpha-L-glutamate ligase  YP_663222  unclonable  0.000000125802  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3686  CDS  NC_008228  4446550  4449309  -  2760  TonB-dependent receptor  YP_663242  unclonable  0.00016445  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3704  CDS  NC_008228  4466453  4467040  -  588  signal transduction protein  YP_663260  unclonable  0.0000000122502  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3839  CDS  NC_008228  4634346  4635638  -  1293  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_663393  unclonable  0.000000632854  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3913  CDS  NC_008228  4719461  4720165  +  705  hypothetical protein  YP_663467  unclonable  0.0000000317623  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3936  CDS  NC_008228  4747817  4748734  -  918  glutamate--tRNA ligase  YP_663490  unclonable  0.000000130965  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3937  CDS  NC_008228  4748799  4749248  -  450  TraR/DksA family transcriptional regulator  YP_663491  unclonable  0.0000000139541  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_4052  CDS  NC_008228  4875715  4876260  -  546  hypothetical protein  YP_663605  unclonable  0.0000000149727  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_4115  CDS  NC_008228  4948630  4950048  +  1419  hypothetical protein  YP_663668  unclonable  0.00000161255  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
 
Patl_4161  CDS  NC_008228  5006000  5009026  +  3027  hypothetical protein  YP_663714  unclonable  0.000881228  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_4179  CDS  NC_008228  5031398  5033572  -  2175  hypothetical protein  YP_663732  unclonable  0.0000170213  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_4286  CDS  NC_008228  5155545  5158586  +  3042  TonB-dependent receptor  YP_663839  unclonable  0.00048068  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0056  tRNA  NC_008228  3536466  3536541  -  76  tRNA-Ala    unclonable  0.000000003137  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0075  tRNA  NC_008228  4810989  4811064  -  76  tRNA-Thr    unclonable  0.00000000445566  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0076  tRNA  NC_008228  4811071  4811145  -  75  tRNA-Gly    unclonable  0.00000000390983  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0077  tRNA  NC_008228  4811184  4811268  -  85  tRNA-Tyr    unclonable  0.00000000407125  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0083  rRNA  NC_008228  4837021  4838551  -  1531  16S ribosomal RNA    unclonable  0.000000766341  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>