More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0286 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_1510  glutamate dehydrogenase  68.67 
 
 		 450 aa  647    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.299473  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0286  glutamate dehydrogenase  100 
 
 		 450 aa  935    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000707094  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1895  glutamate dehydrogenase  80.44 
 
 		 450 aa  760    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000352  NADP-specific glutamate dehydrogenase  77.56 
 
 		 450 aa  738    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1152  glutamate dehydrogenase  66.15 
 
 		 449 aa  622  1e-177  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2189  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  62.81 
 
 		 451 aa  593  1e-168  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0886  glutamate dehydrogenase  61.92 
 
 		 452 aa  592  1e-168  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1815  glutamate dehydrogenase  61.69 
 
 		 452 aa  585  1e-166  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1556  glutamate dehydrogenase  62.03 
 
 		 445 aa  580  1e-164  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.240563  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1335  glutamate dehydrogenase  61.69 
 
 		 449 aa  569  1e-161  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.26176  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1770  glutamate dehydrogenase  59.69 
 
 		 448 aa  571  1e-161  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1499  glutamate dehydrogenase  59.33 
 
 		 448 aa  565  1e-160  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.981406  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0942  glutamate dehydrogenase  58.85 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0467  glutamate dehydrogenase  60.8 
 
 		 450 aa  562  1.0000000000000001e-159  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000753679  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0864  glutamate dehydrogenase  61.83 
 
 		 448 aa  559  1e-158  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.342064  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0345  glutamate dehydrogenase  60.8 
 
 		 453 aa  560  1e-158  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1813  glutamate dehydrogenase  56 
 
 		 454 aa  560  1e-158  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.181539  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1557  glutamate dehydrogenase  61.92 
 
 		 454 aa  556  1e-157  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2051  glutamate dehydrogenase  58.9 
 
 		 451 aa  554  1e-156  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.553496 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07080  glutamate dehydrogenase  58.44 
 
 		 443 aa  552  1e-156  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.813 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1801  glutamate dehydrogenase  57.78 
 
 		 443 aa  552  1e-156  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.250235  normal  0.676275 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3443  glutamate dehydrogenase  57.79 
 
 		 450 aa  548  1e-155  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2123  glutamate dehydrogenase  61.83 
 
 		 449 aa  548  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286272 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1290  glutamate dehydrogenase  58.13 
 
 		 455 aa  546  1e-154  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1305  glutamate dehydrogenase  59.6 
 
 		 450 aa  545  1e-154  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1371  glutamate dehydrogenase  61.1 
 
 		 452 aa  546  1e-154  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.209216  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0175  glutamate dehydrogenase  59.82 
 
 		 449 aa  545  1e-154  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000304056 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30790  glutamate dehydrogenase  60.89 
 
 		 447 aa  547  1e-154  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3000  glutamate dehydrogenase  60.04 
 
 		 448 aa  545  1e-154  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.741284  normal  0.619757 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0193  glutamate dehydrogenase  61.33 
 
 		 449 aa  543  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0573  glutamate dehydrogenase  59.6 
 
 		 448 aa  542  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0302  glutamate dehydrogenase  61.16 
 
 		 449 aa  544  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4646  glutamate dehydrogenase  59.15 
 
 		 448 aa  540  9.999999999999999e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4852  glutamate dehydrogenase  58.98 
 
 		 444 aa  539  9.999999999999999e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0818  glutamate dehydrogenase  58.09 
 
 		 447 aa  538  9.999999999999999e-153  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274961 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4267  glutamate dehydrogenase  59.15 
 
 		 448 aa  540  9.999999999999999e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.292709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4353  glutamate dehydrogenase  59.15 
 
 		 448 aa  540  9.999999999999999e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.92968  normal  0.0129009 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0610  glutamate dehydrogenase  57.24 
 
 		 443 aa  541  9.999999999999999e-153  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0929396 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2359  glutamate dehydrogenase  62.47 
 
 		 444 aa  541  9.999999999999999e-153  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.394461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0374  glutamate dehydrogenase  60.09 
 
 		 444 aa  539  9.999999999999999e-153  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000129016  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2800  glutamate dehydrogenase  61.1 
 
 		 449 aa  537  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00630068  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3219  glutamate dehydrogenase  58.71 
 
 		 449 aa  536  1e-151  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1186  glutamate dehydrogenase  58.82 
 
 		 450 aa  535  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0826  glutamate dehydrogenase  56.44 
 
 		 444 aa  535  1e-151  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0743965  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3019  glutamate dehydrogenase  58.93 
 
 		 449 aa  538  1e-151  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3118  glutamate dehydrogenase  58.93 
 
 		 449 aa  537  1e-151  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.690861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3497  glutamate dehydrogenase  58.6 
 
 		 451 aa  535  1e-151  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0060  glutamate dehydrogenase  60.18 
 
 		 449 aa  535  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.742683  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32600  glutamate dehydrogenase  58.93 
 
 		 447 aa  537  1e-151  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0418  glutamate dehydrogenase  59.38 
 
 		 449 aa  533  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.391683 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4804  glutamate dehydrogenase  58.22 
 
 		 449 aa  531  1e-150  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323984  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2782  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  59.82 
 
 		 446 aa  530  1e-149  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000238369  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10490  glutamate dehydrogenase  55.26 
 
 		 451 aa  528  1e-149  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000302045 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0396  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  60.64 
 
 		 447 aa  530  1e-149  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4667  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  59.86 
 
 		 449 aa  529  1e-149  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0271  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  57.96 
 
 		 445 aa  528  1e-149  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1929  glutamate dehydrogenase  58.48 
 
 		 449 aa  531  1e-149  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3577  glutamate dehydrogenase  59.96 
 
 		 445 aa  530  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1658  glutamate dehydrogenase  60.32 
 
 		 458 aa  530  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4441  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  59.45 
 
 		 449 aa  531  1e-149  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.542579  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2296  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  59.28 
 
 		 445 aa  525  1e-148  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2125  glutamate dehydrogenase  60.59 
 
 		 447 aa  526  1e-148  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0411981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3505  glutamate dehydrogenase  59.73 
 
 		 445 aa  528  1e-148  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0346  glutamate dehydrogenase  57.81 
 
 		 445 aa  521  1e-147  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0527  glutamate dehydrogenase  56.54 
 
 		 450 aa  522  1e-147  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000275062  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2430  glutamate dehydrogenase  56.79 
 
 		 445 aa  522  1e-147  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0996  glutamate dehydrogenase  58.48 
 
 		 451 aa  522  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150602  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5524  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  59.04 
 
 		 447 aa  519  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0148438  normal  0.115697 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5321  glutamate dehydrogenase  60.65 
 
 		 449 aa  518  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0761219 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34200  glutamate dehydrogenase (NADP)  60.09 
 
 		 446 aa  520  1e-146  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.255605 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2911  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  56.92 
 
 		 445 aa  518  1e-146  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3872  glutamate dehydrogenase  59.77 
 
 		 453 aa  515  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.582275 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60710  glutamate dehydrogenase  58.24 
 
 		 445 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0675  glutamate dehydrogenase  55.02 
 
 		 449 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0706  glutamate dehydrogenase  55.02 
 
 		 446 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0916886 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14650  glutamate dehydrogenase  56.92 
 
 		 451 aa  509  1e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.972486  normal  0.287682 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1427  glutamate dehydrogenase  53.67 
 
 		 448 aa  510  1e-143  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5228  glutamate dehydrogenase  57.79 
 
 		 445 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0707  glutamate dehydrogenase  54.8 
 
 		 446 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.469869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4509  glutamate dehydrogenase  55.02 
 
 		 446 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1771  glutamate dehydrogenase  56.67 
 
 		 445 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89155  normal  0.439156 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1647  glutamate dehydrogenase  54.25 
 
 		 451 aa  503  1e-141  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4874  glutamate dehydrogenase  55.41 
 
 		 445 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.443754  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02515  glutamate dehydrogenase  52.22 
 
 		 447 aa  491  9.999999999999999e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04440  glutamate dehydrogenase  59.4 
 
 		 446 aa  494  9.999999999999999e-139  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1339  glutamate dehydrogenase  55.98 
 
 		 449 aa  488  1e-137  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.852226  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4692  glutamate dehydrogenase  54.89 
 
 		 444 aa  488  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1685  glutamate dehydrogenase  54.19 
 
 		 447 aa  486  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1219  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  51.95 
 
 		 456 aa  484  1e-135  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.128767  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5140  glutamate dehydrogenase  53.76 
 
 		 447 aa  483  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.299774  normal  0.273528 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0109  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  54.91 
 
 		 453 aa  479  1e-134  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1881  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  53.42 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.53168  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1871  glutamate dehydrogenase  53.42 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.598381  hitchhiker  0.000134113 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01718  hypothetical protein  53.42 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00971306  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2014  glutamate dehydrogenase  53.2 
 
 		 447 aa  477  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1845  glutamate dehydrogenase  53.42 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0654574  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2481  glutamate dehydrogenase  53.2 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.231621  normal  0.944687 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1426  glutamate dehydrogenase  52.42 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.91122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4200  glutamate dehydrogenase  54.57 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0977  glutamate dehydrogenase  53.17 
 
 		 447 aa  475  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0965022  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>