83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1998 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2136  hypothetical protein  53.36 
 
 
682 aa  711    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.37402  normal  0.348469 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1676  hypothetical protein  52.61 
 
 
680 aa  699    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00163825  normal  0.33231 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1998  hypothetical protein  100 
 
 
688 aa  1409    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000875403  n/a   
 
 
 
NC_008322  Shewmr7_1751  hypothetical protein  52.46 
 
 
680 aa  697    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00124169  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1725  hypothetical protein  49.57 
 
 
682 aa  659    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000149613  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2225  hypothetical protein  52.17 
 
 
682 aa  681    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2437  hypothetical protein  53.19 
 
 
680 aa  702    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0176803  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2480  hypothetical protein  53.44 
 
 
686 aa  701    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0308258  normal  0.0283529 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1938  hypothetical protein  53.01 
 
 
682 aa  699    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00596375  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2557  hypothetical protein  53.04 
 
 
680 aa  700    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0938481  normal  0.12261 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1781  hypothetical protein  52.46 
 
 
680 aa  698    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000258085  normal  0.0160925 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1588  hypothetical protein  52.3 
 
 
691 aa  694    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000609017  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2444  hypothetical protein  53.04 
 
 
680 aa  700    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0526018  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1805  hypothetical protein  55.06 
 
 
682 aa  723    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000127719  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2597  hypothetical protein  52.24 
 
 
680 aa  696    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2806  hypothetical protein  51.94 
 
 
696 aa  726    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1907  protein of unknown function DUF1302  53.19 
 
 
680 aa  701    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00456554  normal  0.102822 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2199  hypothetical protein  52.31 
 
 
680 aa  691    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.812513  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02007  hypothetical protein  66.29 
 
 
455 aa  628  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000421467  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4424  hypothetical protein  33.43 
 
 
639 aa  329  9e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0792  hypothetical protein  33.38 
 
 
628 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.178452  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0991  hypothetical protein  33 
 
 
645 aa  326  9e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.868412  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3432  hypothetical protein  34.05 
 
 
620 aa  325  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0727302  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1149  hypothetical protein  32.57 
 
 
645 aa  323  6e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0765  hypothetical protein  33.05 
 
 
628 aa  323  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0806  hypothetical protein  33.1 
 
 
628 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19810  hypothetical protein  33.58 
 
 
585 aa  319  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.177739  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1704  putative lipoprotein  33.28 
 
 
585 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.168195  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13130  hypothetical protein  32.28 
 
 
641 aa  316  9e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1184  hypothetical protein  32.04 
 
 
641 aa  315  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1134  hypothetical protein  32.21 
 
 
597 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2320  hypothetical protein  31.38 
 
 
606 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000141551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0224  hypothetical protein  33.87 
 
 
603 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0905  hypothetical protein  33.09 
 
 
597 aa  310  8e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4708  hypothetical protein  32.48 
 
 
629 aa  308  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0952361  normal  0.150702 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3167  hypothetical protein  32.55 
 
 
661 aa  298  3e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.719833  normal  0.715398 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3660  hypothetical protein  30.23 
 
 
659 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2695  hypothetical protein  31.04 
 
 
615 aa  285  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000566517  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3700  hypothetical protein  29.22 
 
 
617 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0576544  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1720  hypothetical protein  30.54 
 
 
593 aa  264  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00248368  normal  0.287373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2042  hypothetical protein  30.54 
 
 
618 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2938  hypothetical protein  28.93 
 
 
665 aa  250  5e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140535  normal  0.820157 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1361  hypothetical protein  29.26 
 
 
665 aa  250  7e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.78358  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2057  hypothetical protein  30.81 
 
 
654 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24290  glycine betaine transmethylase  30.59 
 
 
654 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000902449  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41220  hypothetical protein  28.22 
 
 
608 aa  244  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0390938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3145  hypothetical protein  29.37 
 
 
617 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26737  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2628  glycine betaine transmethylase  29.37 
 
 
649 aa  227  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598372  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1023  hypothetical protein  26.75 
 
 
608 aa  216  8e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.318112  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0087  hypothetical protein  27.21 
 
 
665 aa  212  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211464  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0466  hypothetical protein  27.6 
 
 
609 aa  201  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0467  hypothetical protein  26.67 
 
 
617 aa  200  7e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2972  protein of unknown function DUF1302  25.33 
 
 
575 aa  161  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.715393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2750  hypothetical protein  25.55 
 
 
548 aa  158  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113257  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0162  hypothetical protein  29.69 
 
 
586 aa  158  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4360  hypothetical protein  24.96 
 
 
614 aa  154  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5041  hypothetical protein  24.96 
 
 
614 aa  154  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.351751  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5819  hypothetical protein  24.96 
 
 
614 aa  154  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4347  hypothetical protein  24.48 
 
 
609 aa  147  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0563403  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6839  hypothetical protein  24.89 
 
 
613 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0699678  normal  0.0739476 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4864  hypothetical protein  25.08 
 
 
609 aa  145  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156964  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6389  hypothetical protein  23.93 
 
 
610 aa  143  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0707198  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4434  protein of unknown function DUF1302  24.69 
 
 
611 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0662376  normal  0.365948 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4324  protein of unknown function DUF1302  24.69 
 
 
611 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.406766  normal  0.0355116 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1511  hypothetical protein  24.37 
 
 
524 aa  137  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2811  hypothetical protein  23.16 
 
 
548 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.756946  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3200  hypothetical protein  28.65 
 
 
570 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.51508  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1461  hypothetical protein  24.37 
 
 
521 aa  124  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.890943  normal  0.537602 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6782  hypothetical protein  25.33 
 
 
568 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2582  hypothetical protein  23.2 
 
 
612 aa  115  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3147  hypothetical protein  22.78 
 
 
536 aa  106  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377982  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2162  hypothetical protein  27.48 
 
 
567 aa  90.9  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0130  hypothetical protein  28.65 
 
 
557 aa  87.4  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2166  hypothetical protein  29.54 
 
 
508 aa  87  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2248  hypothetical protein  31.95 
 
 
544 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000000224157  decreased coverage  4.957600000000001e-19 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0964  hypothetical protein  23.48 
 
 
569 aa  81.3  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00077396  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0648  hypothetical protein  23.35 
 
 
568 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466396  normal  0.419357 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6864  hypothetical protein  24.14 
 
 
565 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000183389  normal  0.106911 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2669  hypothetical protein  23.46 
 
 
651 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.575021  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2812  hypothetical protein  31.25 
 
 
651 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229228  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3919  hypothetical protein  36.11 
 
 
594 aa  67.4  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4059  protein of unknown function DUF1302  30.46 
 
 
594 aa  67  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00304001  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4026  hypothetical protein  31.75 
 
 
602 aa  63.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>