More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1781 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  100 
 
 		 485 aa  994    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  75.05 
 
 		 478 aa  734    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  46.97 
 
 		 469 aa  437  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  45.14 
 
 		 494 aa  368  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  45.32 
 
 		 476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  43.86 
 
 		 472 aa  355  1e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  39.6 
 
 		 468 aa  296  6e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  37.59 
 
 		 457 aa  259  9e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  35.13 
 
 		 467 aa  255  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  32.23 
 
 		 473 aa  194  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  30.59 
 
 		 449 aa  182  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  31.31 
 
 		 442 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  31.31 
 
 		 438 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  30.34 
 
 		 444 aa  180  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  30.34 
 
 		 444 aa  180  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  30.52 
 
 		 485 aa  179  7e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  30.8 
 
 		 442 aa  179  9e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  30.34 
 
 		 444 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  30.82 
 
 		 434 aa  178  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  31.89 
 
 		 433 aa  177  5e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  33.33 
 
 		 442 aa  176  6e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  29.67 
 
 		 441 aa  176  7e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  31.01 
 
 		 434 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  30.31 
 
 		 437 aa  171  3e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  30.79 
 
 		 450 aa  171  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  31.5 
 
 		 440 aa  169  8e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  30.5 
 
 		 440 aa  169  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  29.45 
 
 		 451 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  29.65 
 
 		 443 aa  166  8e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  30.86 
 
 		 446 aa  165  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  30.41 
 
 		 451 aa  165  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  30.25 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  30.47 
 
 		 432 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  30.82 
 
 		 443 aa  164  5.0000000000000005e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  29.18 
 
 		 441 aa  163  7e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  30.14 
 
 		 446 aa  163  7e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  28.34 
 
 		 448 aa  162  9e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  30.62 
 
 		 434 aa  160  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  29.55 
 
 		 439 aa  159  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  29.23 
 
 		 429 aa  159  1e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  31.24 
 
 		 444 aa  158  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  30.45 
 
 		 445 aa  156  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  29.45 
 
 		 435 aa  155  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  29.47 
 
 		 452 aa  154  4e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  31.23 
 
 		 491 aa  152  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  28.09 
 
 		 462 aa  150  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  29.03 
 
 		 421 aa  149  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  29.58 
 
 		 442 aa  149  9e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  31.07 
 
 		 489 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  26.17 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  28.41 
 
 		 434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  26.98 
 
 		 439 aa  145  1e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  32.5 
 
 		 510 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  30.67 
 
 		 493 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  32.59 
 
 		 507 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  27.87 
 
 		 508 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  32.59 
 
 		 507 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  27.11 
 
 		 494 aa  138  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  30.42 
 
 		 493 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  30.38 
 
 		 497 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  29.43 
 
 		 428 aa  138  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  29.67 
 
 		 549 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  30.16 
 
 		 444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  28.32 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  26.17 
 
 		 440 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  29.53 
 
 		 493 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  28.51 
 
 		 468 aa  126  8.000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  27.44 
 
 		 468 aa  126  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  26.54 
 
 		 483 aa  122  9.999999999999999e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  30.43 
 
 		 490 aa  122  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  28.39 
 
 		 493 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  24.68 
 
 		 477 aa  108  2e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  28.33 
 
 		 587 aa  94  5e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  25.12 
 
 		 477 aa  94.4  5e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  25.5 
 
 		 465 aa  89.7  9e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  23.67 
 
 		 582 aa  87.4  5e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  26.21 
 
 		 564 aa  85.9  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  27.46 
 
 		 660 aa  85.1  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  25.24 
 
 		 591 aa  84.7  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  23.61 
 
 		 573 aa  79.7  0.0000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  25 
 
 		 581 aa  77.4  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  29.9 
 
 		 602 aa  77  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  24.18 
 
 		 600 aa  73.9  0.000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  27.2 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.06 
 
 		 413 aa  68.2  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1484  hypothetical protein  25.69 
 
 		 418 aa  67.4  0.0000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.555419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  26.2 
 
 		 368 aa  66.6  0.0000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.69 
 
 		 379 aa  66.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.2 
 
 		 395 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  23.57 
 
 		 390 aa  66.6  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  22.69 
 
 		 380 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.3 
 
 		 392 aa  63.5  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  23.47 
 
 		 411 aa  62.8  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  24.4 
 
 		 365 aa  63.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.56 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2101  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.09 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.239154  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1719  acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase-like protein  23.08 
 
 		 448 aa  62  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3650  acetylornithine deacetylase  24.67 
 
 		 380 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0499881  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0193  diaminopimelate aminotransferase  25.32 
 
 		 421 aa  62.4  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000572443  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.57 
 
 		 380 aa  62.4  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>