More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00365 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  80.43 
 
 		 507 aa  787    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  100 
 
 		 510 aa  1024    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  80.43 
 
 		 507 aa  787    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  57.81 
 
 		 493 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  58.81 
 
 		 493 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  57.86 
 
 		 493 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  59.4 
 
 		 491 aa  545  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  58.81 
 
 		 493 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  48.09 
 
 		 549 aa  419  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  45.35 
 
 		 497 aa  368  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  40.26 
 
 		 487 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  41.51 
 
 		 489 aa  328  1.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  43.05 
 
 		 490 aa  326  5e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  36.4 
 
 		 508 aa  309  8e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  35.87 
 
 		 440 aa  243  7.999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  31.34 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  32.78 
 
 		 591 aa  225  1e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  30.54 
 
 		 494 aa  225  1e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  30.86 
 
 		 573 aa  224  3e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  32.38 
 
 		 465 aa  216  5.9999999999999996e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  32.56 
 
 		 564 aa  200  6e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  32.36 
 
 		 587 aa  196  8.000000000000001e-49  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  29.98 
 
 		 582 aa  194  3e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  28.45 
 
 		 483 aa  192  9e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  29.74 
 
 		 660 aa  181  2e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  29.77 
 
 		 581 aa  162  1e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  29.41 
 
 		 602 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  28.93 
 
 		 600 aa  152  1e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  31.17 
 
 		 467 aa  141  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  32.42 
 
 		 485 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  31.28 
 
 		 434 aa  136  7.000000000000001e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  29.4 
 
 		 469 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  30.6 
 
 		 478 aa  131  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  31.88 
 
 		 449 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  30.86 
 
 		 476 aa  127  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  30.67 
 
 		 443 aa  127  7e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  29.8 
 
 		 439 aa  125  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  30.41 
 
 		 444 aa  125  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  29.25 
 
 		 433 aa  121  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  28.32 
 
 		 468 aa  120  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  30.08 
 
 		 440 aa  120  7.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  29.24 
 
 		 437 aa  119  9.999999999999999e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  32.03 
 
 		 421 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  29.4 
 
 		 441 aa  118  1.9999999999999998e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  28.75 
 
 		 434 aa  116  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  28.75 
 
 		 442 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  28.29 
 
 		 446 aa  116  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  28.28 
 
 		 448 aa  113  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  27.25 
 
 		 473 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  27.16 
 
 		 443 aa  111  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  28.43 
 
 		 452 aa  111  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  29.38 
 
 		 442 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  28.75 
 
 		 438 aa  110  6e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  29.57 
 
 		 432 aa  110  7.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  28.68 
 
 		 442 aa  110  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  28.32 
 
 		 434 aa  109  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  29.18 
 
 		 440 aa  109  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  30.23 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  29.21 
 
 		 451 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  27.86 
 
 		 462 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  27.05 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  28.03 
 
 		 451 aa  107  3e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  28.07 
 
 		 428 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  28.46 
 
 		 434 aa  107  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  30.95 
 
 		 468 aa  107  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  29.17 
 
 		 430 aa  107  7e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  30.03 
 
 		 468 aa  106  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  28.72 
 
 		 450 aa  106  1e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  29.78 
 
 		 442 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  24.5 
 
 		 485 aa  104  4e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  27.49 
 
 		 441 aa  103  6e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  28.54 
 
 		 435 aa  102  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  27.78 
 
 		 444 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  27.78 
 
 		 444 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  27.78 
 
 		 444 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 		 393 aa  99.8  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  28.14 
 
 		 444 aa  99.8  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  28.83 
 
 		 472 aa  98.2  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  27.79 
 
 		 446 aa  98.2  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.19 
 
 		 375 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  27.76 
 
 		 434 aa  92  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.32 
 
 		 388 aa  92  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.06 
 
 		 375 aa  92.4  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.16 
 
 		 413 aa  92.4  2e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  24.09 
 
 		 429 aa  92.4  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  29.43 
 
 		 477 aa  92  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1265  hypothetical protein  25.07 
 
 		 395 aa  90.1  8e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.729138 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  25.77 
 
 		 439 aa  90.1  8e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  25.72 
 
 		 390 aa  90.1  9e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 		 375 aa  89.7  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.05 
 
 		 445 aa  89  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.19 
 
 		 375 aa  88.2  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.19 
 
 		 375 aa  88.2  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1484  peptidase M20  23.29 
 
 		 391 aa  87.8  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.19 
 
 		 375 aa  87.4  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.92 
 
 		 375 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.92 
 
 		 375 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.88 
 
 		 375 aa  87  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.92 
 
 		 375 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.92 
 
 		 375 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>