More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0416 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  84.58 
 
 		 493 aa  840    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  79.72 
 
 		 493 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  85.19 
 
 		 493 aa  857    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  100 
 
 		 493 aa  1006    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  58.86 
 
 		 510 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  57.54 
 
 		 507 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  57.54 
 
 		 507 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  55.84 
 
 		 491 aa  535  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  46.89 
 
 		 549 aa  414  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  43.46 
 
 		 497 aa  375  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  38.79 
 
 		 487 aa  365  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  42.62 
 
 		 489 aa  361  2e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  37.55 
 
 		 508 aa  347  3e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  42.44 
 
 		 490 aa  341  2e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  36.99 
 
 		 440 aa  273  3e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  33.11 
 
 		 477 aa  273  5.000000000000001e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  36.18 
 
 		 465 aa  243  5e-63  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  32.65 
 
 		 494 aa  240  5e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  32.03 
 
 		 591 aa  228  2e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  29.46 
 
 		 573 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  29.42 
 
 		 483 aa  216  7e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  29.34 
 
 		 582 aa  189  1e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  26.96 
 
 		 660 aa  186  7e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  29.51 
 
 		 564 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  30.19 
 
 		 587 aa  184  3e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  28.27 
 
 		 581 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  29.35 
 
 		 600 aa  158  2e-37  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  32.23 
 
 		 443 aa  146  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  26.25 
 
 		 602 aa  145  1e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  30.51 
 
 		 449 aa  145  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  31.08 
 
 		 444 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  31.39 
 
 		 430 aa  141  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  28.41 
 
 		 421 aa  141  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  30.65 
 
 		 439 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  28.09 
 
 		 446 aa  140  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  26.68 
 
 		 478 aa  139  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  30.1 
 
 		 434 aa  136  7.000000000000001e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  29.67 
 
 		 444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  29.67 
 
 		 444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  30.85 
 
 		 446 aa  134  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  29.67 
 
 		 444 aa  134  5e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  31.09 
 
 		 485 aa  133  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  30.46 
 
 		 433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  30.83 
 
 		 451 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  28.03 
 
 		 469 aa  131  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  30.1 
 
 		 450 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  29.77 
 
 		 442 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  29.89 
 
 		 442 aa  128  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  28.37 
 
 		 440 aa  126  8.000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  30.91 
 
 		 468 aa  126  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  26.46 
 
 		 473 aa  126  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  28.82 
 
 		 462 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  28.74 
 
 		 476 aa  126  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  28.42 
 
 		 467 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  27.45 
 
 		 494 aa  125  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  30.83 
 
 		 468 aa  124  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  28.82 
 
 		 452 aa  123  6e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  29.74 
 
 		 428 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  30.11 
 
 		 448 aa  121  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  29.51 
 
 		 440 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  26.46 
 
 		 441 aa  119  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  28.86 
 
 		 451 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  28.97 
 
 		 432 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  28.82 
 
 		 434 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  28.54 
 
 		 441 aa  116  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  27.18 
 
 		 443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  26.48 
 
 		 437 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  28.06 
 
 		 442 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  28.53 
 
 		 434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  30.31 
 
 		 442 aa  111  3e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  28.94 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  28.5 
 
 		 435 aa  109  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  28.43 
 
 		 434 aa  109  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  29.22 
 
 		 438 aa  108  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  25.81 
 
 		 429 aa  106  8e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  28.88 
 
 		 434 aa  105  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.18 
 
 		 445 aa  101  4e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  27.23 
 
 		 468 aa  100  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  25.25 
 
 		 457 aa  99  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.48 
 
 		 393 aa  94.7  3e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  25.52 
 
 		 439 aa  94  5e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.42 
 
 		 375 aa  94  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  27.6 
 
 		 444 aa  91.3  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.93 
 
 		 375 aa  87.8  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.7 
 
 		 374 aa  87  7e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.7 
 
 		 374 aa  87  7e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  23.76 
 
 		 485 aa  86.3  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.38 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.45 
 
 		 388 aa  85.5  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.62 
 
 		 375 aa  84.7  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.38 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.38 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.36 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.86 
 
 		 375 aa  83.6  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  23.16 
 
 		 390 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.58 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.58 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.58 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.58 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.58 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>