More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3309 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  100 
 
 
472 aa  957    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  50.32 
 
 
476 aa  447  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  43.44 
 
 
469 aa  364  2e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  43.53 
 
 
485 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  40.71 
 
 
478 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  41.95 
 
 
494 aa  306  8.000000000000001e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  40.86 
 
 
468 aa  302  9e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  42.4 
 
 
457 aa  278  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  37.08 
 
 
467 aa  274  3e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  29.8 
 
 
434 aa  155  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  30.46 
 
 
434 aa  153  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  29.03 
 
 
430 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  30.23 
 
 
442 aa  151  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  30.56 
 
 
435 aa  151  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  28.32 
 
 
451 aa  149  7e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  28.81 
 
 
473 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  31.44 
 
 
433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  30.7 
 
 
440 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  29.61 
 
 
442 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  30.63 
 
 
434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  28.7 
 
 
444 aa  145  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  28.7 
 
 
444 aa  145  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  28.7 
 
 
444 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  29.18 
 
 
440 aa  144  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  27.83 
 
 
448 aa  143  7e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  29.44 
 
 
450 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  29.7 
 
 
462 aa  142  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  29.8 
 
 
432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  30.2 
 
 
452 aa  141  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  28.14 
 
 
443 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  28.54 
 
 
451 aa  139  7e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  29.77 
 
 
421 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  29.61 
 
 
446 aa  139  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  27.79 
 
 
434 aa  137  6.0000000000000005e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  30.26 
 
 
442 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  28.54 
 
 
429 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  31.14 
 
 
438 aa  134  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  29.08 
 
 
446 aa  134  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  27.37 
 
 
437 aa  133  6e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  28.82 
 
 
441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  27.46 
 
 
439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  28 
 
 
443 aa  132  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  25.93 
 
 
485 aa  130  4.0000000000000003e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  27.71 
 
 
449 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  26.77 
 
 
442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  27.68 
 
 
441 aa  126  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  29.16 
 
 
444 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  28.83 
 
 
428 aa  123  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  28.54 
 
 
468 aa  120  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  29.51 
 
 
444 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  30.36 
 
 
445 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  27.72 
 
 
439 aa  119  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  29.18 
 
 
468 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  26.22 
 
 
434 aa  116  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  28.9 
 
 
465 aa  114  5e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  29.18 
 
 
497 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  28.94 
 
 
493 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  26.59 
 
 
491 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  28.93 
 
 
493 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  27.57 
 
 
493 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  25.82 
 
 
487 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  28.76 
 
 
507 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  28.76 
 
 
507 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  26.26 
 
 
508 aa  98.6  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  28.31 
 
 
510 aa  97.8  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  29.3 
 
 
489 aa  97.8  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  26.65 
 
 
494 aa  96.7  9e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  25.06 
 
 
483 aa  95.9  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  26.34 
 
 
490 aa  94.4  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  26.56 
 
 
549 aa  94  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  26.13 
 
 
591 aa  90.9  4e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  25.91 
 
 
440 aa  91.3  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  30.07 
 
 
587 aa  90.1  7e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  25.69 
 
 
582 aa  89.4  1e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.78 
 
 
407 aa  87.4  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  26.25 
 
 
493 aa  87.8  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2101  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.78 
 
 
407 aa  87.4  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.239154  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  26.81 
 
 
477 aa  87.4  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  28.06 
 
 
581 aa  86.7  9e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  22.31 
 
 
477 aa  82.4  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  27.83 
 
 
564 aa  81.6  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  28.62 
 
 
660 aa  79  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  24.84 
 
 
600 aa  78.2  0.0000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  27.59 
 
 
573 aa  76.3  0.000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2253  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.73 
 
 
414 aa  72  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8178  peptidase M20  31.93 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4029  acetylornithine deacetylase  24.06 
 
 
383 aa  72  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.885326  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.6 
 
 
388 aa  71.6  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  25.14 
 
 
602 aa  69.7  0.0000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_15083  predicted protein  25.7 
 
 
374 aa  68.6  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  28.24 
 
 
411 aa  67.4  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.69 
 
 
395 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.55 
 
 
393 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4525  acetylornithine deacetylase  23.23 
 
 
383 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000031235 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4361  acetylornithine deacetylase  23.23 
 
 
383 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4330  acetylornithine deacetylase  23.23 
 
 
383 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.19698  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4451  acetylornithine deacetylase  23.23 
 
 
383 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.600923  hitchhiker  0.000712813 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0407  acetylornithine deacetylase (ArgE)  32.86 
 
 
392 aa  64.3  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5417  acetylornithine deacetylase  23.49 
 
 
383 aa  63.9  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4976  acetylornithine deacetylase  25.74 
 
 
376 aa  63.5  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0778383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>