More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0141 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  100 
 
 		 468 aa  941    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  56.1 
 
 		 457 aa  457  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  49.77 
 
 		 467 aa  407  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  40.86 
 
 		 472 aa  302  9e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  35.59 
 
 		 469 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  39.28 
 
 		 485 aa  288  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  38 
 
 		 478 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  38.09 
 
 		 476 aa  274  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  38.05 
 
 		 494 aa  259  7e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  31.25 
 
 		 442 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  29.13 
 
 		 433 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  29.21 
 
 		 434 aa  163  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  28.89 
 
 		 437 aa  162  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  28.7 
 
 		 432 aa  159  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  31.33 
 
 		 435 aa  158  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  28.31 
 
 		 434 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  29.84 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  29.78 
 
 		 443 aa  155  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  26.5 
 
 		 462 aa  153  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  29.39 
 
 		 441 aa  152  8.999999999999999e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  28.22 
 
 		 473 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  27.89 
 
 		 440 aa  152  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  31.63 
 
 		 451 aa  150  7e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  28.89 
 
 		 421 aa  149  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  27.11 
 
 		 452 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  27.15 
 
 		 434 aa  149  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  26.88 
 
 		 429 aa  147  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  26.8 
 
 		 442 aa  146  8.000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  27.73 
 
 		 446 aa  146  8.000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  30.88 
 
 		 438 aa  145  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  27.95 
 
 		 440 aa  144  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  32.89 
 
 		 497 aa  141  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  29.1 
 
 		 449 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  28.19 
 
 		 442 aa  140  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  28.7 
 
 		 445 aa  140  6e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  29.31 
 
 		 443 aa  138  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  26.39 
 
 		 442 aa  138  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  26.73 
 
 		 441 aa  137  3.0000000000000003e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  29.2 
 
 		 468 aa  137  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  28.72 
 
 		 446 aa  136  9e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  28.37 
 
 		 451 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  29.68 
 
 		 468 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  28.22 
 
 		 487 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  27.88 
 
 		 430 aa  133  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  27.6 
 
 		 439 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  26.97 
 
 		 434 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  30.54 
 
 		 491 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  26.06 
 
 		 444 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  24.43 
 
 		 485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  26.06 
 
 		 444 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  26.06 
 
 		 444 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  25.39 
 
 		 434 aa  126  8.000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  30.03 
 
 		 549 aa  126  9e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  27.23 
 
 		 444 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  27.82 
 
 		 448 aa  124  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  25.94 
 
 		 439 aa  120  3.9999999999999996e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  28.32 
 
 		 510 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  26.46 
 
 		 428 aa  116  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  26.24 
 
 		 450 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  29.68 
 
 		 489 aa  116  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  28.93 
 
 		 507 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  28.93 
 
 		 507 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  28.88 
 
 		 490 aa  110  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  27.53 
 
 		 440 aa  108  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  26.23 
 
 		 477 aa  107  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  23.52 
 
 		 494 aa  106  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  24.75 
 
 		 465 aa  106  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  26.35 
 
 		 483 aa  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  26.67 
 
 		 508 aa  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  27.23 
 
 		 493 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  27.32 
 
 		 493 aa  97.8  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  25.36 
 
 		 660 aa  95.5  2e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  26.68 
 
 		 493 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  25.45 
 
 		 493 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.52 
 
 		 395 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.25 
 
 		 413 aa  94.4  4e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  27.97 
 
 		 582 aa  92.4  1e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2253  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.42 
 
 		 414 aa  91.3  4e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  30.11 
 
 		 587 aa  90.5  6e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  28.57 
 
 		 581 aa  89.7  9e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2101  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.74 
 
 		 407 aa  89  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.239154  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.74 
 
 		 407 aa  89  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  22.74 
 
 		 407 aa  84.7  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  25.92 
 
 		 591 aa  84.3  0.000000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  29.39 
 
 		 602 aa  84  0.000000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2364  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.95 
 
 		 405 aa  83.2  0.000000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  29.31 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.16 
 
 		 387 aa  80.9  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0573  acetylornithine deacetylase  29.75 
 
 		 386 aa  81.3  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.280832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.01 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0991  acetylornithine deacetylase  24.33 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.032504  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  29.47 
 
 		 375 aa  77  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  26.68 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  25.99 
 
 		 600 aa  75.9  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  26.13 
 
 		 573 aa  75.5  0.000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  24.59 
 
 		 380 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  24.69 
 
 		 396 aa  75.5  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4029  acetylornithine deacetylase  27.19 
 
 		 383 aa  75.5  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.885326  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  25.19 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  27.06 
 
 		 564 aa  74.3  0.000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>