229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0669 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0669  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 285 aa  578  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2254  LuxR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000750634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3106  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  26.2 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4005  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2644  response regulator receiver domain-containing protein  25.33 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4109  LuxR family GAF modulated transcriptional regulator  28.07 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.721487  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1273  LuxR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0925384  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1199  LuxR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2465  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54611  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0630  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0768185  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1366  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0350  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0942  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232709  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.53 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02940  putative LuxR-family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 198 aa  52.8  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.775864  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0272  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.19 
 
 		 218 aa  52.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.353555  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.51 
 
 		 236 aa  52.8  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 216 aa  52.4  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1873  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 233 aa  52.4  0.000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.145213  normal  0.385799 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4511  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.14 
 
 		 226 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11054  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3116  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 215 aa  51.2  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3727  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 226 aa  49.7  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 240 aa  49.7  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1617  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.96 
 
 		 214 aa  49.3  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321528  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4133  two component LuxR family transcriptional regulator  52 
 
 		 240 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0908  LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 526 aa  48.9  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0925  metal dependent phosphohydrolase  44.62 
 
 		 526 aa  48.9  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4078  hypothetical protein  50 
 
 		 243 aa  49.3  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0439982  normal  0.0668702 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0915  metal dependent phosphohydrolase  44.62 
 
 		 526 aa  48.9  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.691229  decreased coverage  0.00674138 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1613  transcriptional regulator, LuxR family  40.85 
 
 		 126 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0395666  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1242  transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 81 aa  48.9  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0473699  normal  0.519491 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4530  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 241 aa  48.5  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470183 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6529  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 224 aa  48.9  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270807  normal  0.114568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11180  putative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 222 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0312289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 201 aa  47.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4062  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 216 aa  48.1  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0448793  normal  0.300284 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2010  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 214 aa  47.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5553  transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 373 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6933  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.322421 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 235 aa  47  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 506 aa  47.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  43.28 
 
 		 216 aa  47.4  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 222 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0925  response regulator receiver protein  30 
 
 		 119 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.592282  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7211  response regulator receiver protein  43.86 
 
 		 215 aa  47  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0769384 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4452  transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 385 aa  47  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 223 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2058  metal dependent phosphohydrolase  47.89 
 
 		 521 aa  47  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4288  metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 519 aa  47  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.472516  normal  0.533265 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 226 aa  47  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1883  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.93 
 
 		 215 aa  46.2  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 248 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 227 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 251 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 251 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 248 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 230 aa  46.6  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01871  two-component response regulator  32.06 
 
 		 242 aa  46.6  0.0005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.528311  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 227 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4479  regulatory protein, LuxR  43.86 
 
 		 865 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00441631 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 227 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 242 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  41.94 
 
 		 204 aa  46.6  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2455  response regulator VSRC transcription regulator protein  47.06 
 
 		 221 aa  46.2  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 204 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4027  LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 275 aa  46.2  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7042  LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 237 aa  46.2  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  46.15 
 
 		 206 aa  46.2  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4008  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 248 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2723  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 221 aa  46.2  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4547  transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 321 aa  45.8  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01891  two-component response regulator  32.06 
 
 		 242 aa  46.2  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.991625  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2334  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 221 aa  46.2  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.477601  normal  0.267999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 227 aa  45.8  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2880  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 219 aa  45.8  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.449931 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 227 aa  45.8  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 224 aa  45.8  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 209 aa  45.8  0.0009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 237 aa  45.8  0.0009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 237 aa  45.8  0.0009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 237 aa  45.8  0.0009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  32.63 
 
 		 855 aa  45.8  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3555  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 176 aa  45.8  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0548987 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1940  LuxR response regulator receiver  47.17 
 
 		 222 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.95717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2742  LuxR response regulator receiver  40.98 
 
 		 219 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3447  LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 175 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4197  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 231 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4329  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 208 aa  45.4  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1981  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 213 aa  45.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.607794  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 310 aa  45.8  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  38.98 
 
 		 206 aa  45.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3528  transcriptional regulator, LuxR family  39.66 
 
 		 178 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.993919  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 215 aa  45.4  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3387  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.03 
 
 		 223 aa  45.4  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000386408  hitchhiker  0.000570848 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5616  LuxR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 347 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0605675  normal  0.548217 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3669  response regulator receiver protein  48.98 
 
 		 213 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>