186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4008 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_4008  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  521  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4329  LuxR family transcriptional regulator  80.65 
 
 		 248 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4197  response regulator receiver protein  80.65 
 
 		 248 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3799  response regulator receiver protein  76.61 
 
 		 248 aa  401  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4624  LuxR family transcriptional regulator  76.21 
 
 		 248 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0690  LuxR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3578  LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 255 aa  192  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.920861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0526  hypothetical protein  26.19 
 
 		 267 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0755  hypothetical protein  23.51 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.684175  hitchhiker  0.00000180736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2141  hypothetical protein  24.79 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0962248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2091  hypothetical protein  25.73 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0353766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2142  hypothetical protein  26.26 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.532898  normal  0.0656443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2457  hypothetical protein  27.91 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.418113 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1309  two component LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 206 aa  53.5  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000148999  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3894  transcriptional regulator, LuxR family  39.19 
 
 		 897 aa  52  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  39.39 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1272  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 967 aa  51.6  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.47802  normal  0.275164 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1731  hypothetical protein  22.63 
 
 		 240 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000145681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3996  hypothetical protein  36.62 
 
 		 185 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  31.71 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3387  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.68 
 
 		 223 aa  49.3  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000386408  hitchhiker  0.000570848 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4232  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  49.3  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4755  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  49.3  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0856  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  49.3  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3508  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.581522  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4858  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5426  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967948  normal  0.221919 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7843  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.68 
 
 		 231 aa  48.9  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.176081 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3737  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 298 aa  48.9  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.354722  normal  0.0596552 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1518.1  DNA-binding response regulator  30.49 
 
 		 223 aa  48.5  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000399536  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0560  DNA-binding response regulator  30.49 
 
 		 223 aa  48.5  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0224831  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2151  DNA-binding response regulator  30.49 
 
 		 214 aa  48.5  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.639034  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2062  LuxR family DNA-binding response regulator  30.49 
 
 		 214 aa  48.5  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0947149  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0766  DNA-binding response regulator  30.49 
 
 		 214 aa  48.5  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1161  LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 296 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.675286  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2240  LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 236 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2264  LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 91 aa  48.1  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.537119 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1751  LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 376 aa  48.5  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5619  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0556461  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0079  LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 319 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0793395  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2085  DNA-binding response regulator  30.49 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.844485  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1000  LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 319 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0913  LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 296 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1539  LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 319 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0110  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.94 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2427  two component LuxR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 245 aa  47  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.27075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6284  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 217 aa  47  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0857  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 219 aa  47  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0762303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4360  transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 		 381 aa  47  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  36.36 
 
 		 887 aa  47  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34130  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40 
 
 		 853 aa  46.2  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208365 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36850  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  37.04 
 
 		 836 aa  46.6  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.116502 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 207 aa  46.2  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2107  two component LuxR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 245 aa  46.2  0.0005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2037  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 225 aa  46.2  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.137578 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  32.79 
 
 		 896 aa  46.2  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1743  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 214 aa  46.2  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.370009  normal  0.039988 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 228 aa  45.8  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0669  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 285 aa  45.8  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2689  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 223 aa  45.8  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.364406  normal  0.346923 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.43 
 
 		 215 aa  45.4  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4976  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 218 aa  45.4  0.0008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.289575  normal  0.034027 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06630  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  36.23 
 
 		 215 aa  45.4  0.0009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.252447  normal  0.303532 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  34.38 
 
 		 222 aa  45.4  0.0009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.49613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0968  transcriptional regulator, LuxR family  44 
 
 		 938 aa  45.4  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.85 
 
 		 901 aa  45.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  33.02 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0303  two component LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  40.82 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0625  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.85 
 
 		 216 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.732521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  37.68 
 
 		 90 aa  44.7  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1432  regulatory protein, LuxR  36.76 
 
 		 837 aa  45.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164581 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.71 
 
 		 236 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2144  hypothetical protein  33.85 
 
 		 253 aa  45.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.389277  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3672  transcriptional regulator, LuxR family  39.66 
 
 		 90 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  33.66 
 
 		 254 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  32 
 
 		 223 aa  44.3  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6049  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.764436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3613  transcriptional regulator, LuxR family  37.31 
 
 		 884 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00449283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0171  two component LuxR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 242 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 209 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2960  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 249 aa  43.9  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00617969  normal  0.0717872 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 214 aa  44.3  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01821  LuxR family regulatory protein  40.38 
 
 		 92 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  40 
 
 		 92 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27181  two-component response regulator  38.89 
 
 		 233 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01891  two-component response regulator  34.21 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.991625  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1045  regulatory protein LuxR  35.71 
 
 		 267 aa  44.7  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  27.96 
 
 		 824 aa  44.3  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1549  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.62 
 
 		 238 aa  44.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.196807  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1969  hypothetical protein  31.88 
 
 		 233 aa  43.9  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1733  two component LuxR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.137963  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3437  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 248 aa  43.9  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.39912  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.07 
 
 		 894 aa  43.5  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 506 aa  43.5  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01731  LuxR family regulatory protein  42.86 
 
 		 92 aa  43.5  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>