120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4624 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4624  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3799  response regulator receiver protein  89.92 
 
 		 248 aa  461  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4197  response regulator receiver protein  81.45 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4329  LuxR family transcriptional regulator  81.45 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4008  LuxR family transcriptional regulator  76.21 
 
 		 248 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0690  LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 252 aa  211  9e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3578  LuxR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 255 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.920861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2142  hypothetical protein  27.53 
 
 		 253 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.532898  normal  0.0656443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0526  hypothetical protein  24.91 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2457  hypothetical protein  27.74 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.418113 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0755  hypothetical protein  25.42 
 
 		 249 aa  62  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.684175  hitchhiker  0.00000180736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2141  hypothetical protein  23.11 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0962248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2091  hypothetical protein  25.11 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0353766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2144  hypothetical protein  25.85 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.389277  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1731  hypothetical protein  24.24 
 
 		 240 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000145681 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  46 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3996  hypothetical protein  36.76 
 
 		 185 aa  50.1  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3894  transcriptional regulator, LuxR family  41.79 
 
 		 897 aa  49.7  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1272  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 967 aa  49.3  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.47802  normal  0.275164 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  30.23 
 
 		 223 aa  48.5  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1309  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000148999  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  35.06 
 
 		 887 aa  47.8  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3737  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.354722  normal  0.0596552 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5619  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0556461  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7843  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 231 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.176081 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1161  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.675286  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2240  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 236 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1751  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 376 aa  47  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3508  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.581522  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4232  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4858  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0079  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0793395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1000  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0913  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1539  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5426  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967948  normal  0.221919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4755  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1518.1  DNA-binding response regulator  29.07 
 
 		 223 aa  46.6  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000399536  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4360  transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 		 381 aa  46.6  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0560  DNA-binding response regulator  29.07 
 
 		 223 aa  46.6  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0224831  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0856  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  46.6  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2085  DNA-binding response regulator  29.07 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.844485  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0102  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 221 aa  46.6  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0637251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3387  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000386408  hitchhiker  0.000570848 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2151  DNA-binding response regulator  29.07 
 
 		 214 aa  46.2  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.639034  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2062  LuxR family DNA-binding response regulator  29.07 
 
 		 214 aa  46.2  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0947149  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0766  DNA-binding response regulator  29.07 
 
 		 214 aa  46.2  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  27.94 
 
 		 506 aa  45.8  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 236 aa  45.8  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34130  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40 
 
 		 853 aa  45.4  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208365 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2033  LuxR family DNA-binding response regulator  34.92 
 
 		 208 aa  45.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0968  transcriptional regulator, LuxR family  46 
 
 		 938 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  32.39 
 
 		 217 aa  44.7  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0083  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 210 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1460  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.93 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.659068  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 205 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  30.67 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0385  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.08 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2264  LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 91 aa  44.3  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.537119 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0857  two component transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0762303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1969  hypothetical protein  33.33 
 
 		 233 aa  44.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.78 
 
 		 215 aa  44.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0669  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6284  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.12 
 
 		 217 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36850  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  37.04 
 
 		 836 aa  44.3  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.116502 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 228 aa  43.9  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0415698  normal  0.590713 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.85 
 
 		 901 aa  44.3  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  34.43 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2233  LuxR response regulator receiver  37.7 
 
 		 228 aa  43.9  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2809  regulatory protein, LuxR  34.92 
 
 		 286 aa  43.5  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0819  LuxR family two component transcriptional regulator  31.87 
 
 		 227 aa  43.5  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.633548  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2136  two component LuxR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 240 aa  43.5  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0154869 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1045  regulatory protein LuxR  32.43 
 
 		 267 aa  43.5  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  31.25 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.49613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4976  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.289575  normal  0.034027 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4511  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 226 aa  43.5  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11054  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06630  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  34.78 
 
 		 215 aa  43.5  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.252447  normal  0.303532 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3338  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 919 aa  43.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.682048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17030  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.22 
 
 		 907 aa  43.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.758711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.14 
 
 		 215 aa  43.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0277  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 833 aa  43.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4778  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  42.7  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000269792  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6527  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 215 aa  42.7  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  39.29 
 
 		 998 aa  42.7  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.96 
 
 		 218 aa  42.7  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 916 aa  42.7  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3277  transcriptional regulator, LuxR family  32.79 
 
 		 970 aa  42.4  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4600  ATPase-like protein  44.64 
 
 		 963 aa  42.7  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0703519 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  37.5 
 
 		 206 aa  42.4  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6049  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.94 
 
 		 224 aa  42.7  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.764436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4334  transcriptional regulator, LuxR family  27.91 
 
 		 160 aa  42.7  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0303  two component LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 214 aa  42.4  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2960  LuxR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 249 aa  42.4  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00617969  normal  0.0717872 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 212 aa  42.4  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 		 880 aa  42.4  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3639  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 		 215 aa  42.4  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 207 aa  42.4  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>