94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2142 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2142  hypothetical protein  100 
 
 		 253 aa  532  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.532898  normal  0.0656443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2144  hypothetical protein  59.68 
 
 		 253 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.389277  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2141  hypothetical protein  41.79 
 
 		 277 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0962248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0755  hypothetical protein  31.58 
 
 		 249 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.684175  hitchhiker  0.00000180736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0526  hypothetical protein  30.85 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3578  LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.920861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0690  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 252 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4624  LuxR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4197  response regulator receiver protein  28 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4329  LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3799  response regulator receiver protein  29.44 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2091  hypothetical protein  29.85 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0353766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4008  LuxR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1969  hypothetical protein  34.26 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1731  hypothetical protein  27.07 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000145681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2457  hypothetical protein  35.24 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.418113 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8793  response regulator receiver protein  32.22 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2037  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.57 
 
 		 225 aa  52.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.137578 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0102  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 		 221 aa  52  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0637251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1523  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 215 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.894169  normal  0.0152488 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2087  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.45 
 
 		 247 aa  49.3  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.73112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0110  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 		 222 aa  49.3  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 239 aa  48.9  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 239 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6042  transcriptional regulator, LuxR family  31.52 
 
 		 333 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.184263 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  36.62 
 
 		 947 aa  48.5  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3391  transcriptional regulator, LuxR family  38.36 
 
 		 171 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0382463  normal  0.946449 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3996  hypothetical protein  40.98 
 
 		 185 aa  47  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.94 
 
 		 228 aa  47  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0415698  normal  0.590713 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 224 aa  47  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 239 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 239 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 239 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3390  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 226 aa  46.6  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2136  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 240 aa  46.6  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0154869 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2275  LuxR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 333 aa  46.6  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.074961  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0767  LuxR response regulator receiver  34.43 
 
 		 221 aa  46.6  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.88397  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 904 aa  46.6  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 254 aa  46.2  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8243  response regulator receiver protein  31.46 
 
 		 217 aa  45.4  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.931194  normal  0.230681 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  29.29 
 
 		 216 aa  45.4  0.0008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 216 aa  45.4  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4002  two component transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 222 aa  45.4  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.947887  normal  0.770727 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2232  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.21 
 
 		 302 aa  45.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.501029  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4531  transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 217 aa  44.7  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4119  response regulator receiver  26.21 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  23.53 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1910  response regulator receiver protein  35.38 
 
 		 226 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238062  normal  0.36963 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  23.53 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  30.11 
 
 		 241 aa  44.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.53 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.53 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.53 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.53 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4263  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.31 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  23.53 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 229 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6049  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.45 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.764436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6637  response regulator receiver protein  29.21 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.07 
 
 		 930 aa  44.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  30.11 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4258  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.53 
 
 		 239 aa  44.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2061  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.33 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.737796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0366  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 		 220 aa  44.3  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0587069  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1235  two component LuxR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.48 
 
 		 1021 aa  43.9  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.99 
 
 		 205 aa  43.1  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 279 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 230 aa  43.5  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149636  normal  0.0443917 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  35.38 
 
 		 217 aa  43.1  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 217 aa  43.1  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.34 
 
 		 924 aa  42.7  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 		 993 aa  42.7  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3387  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 223 aa  42.7  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000386408  hitchhiker  0.000570848 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4134  two component LuxR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 250 aa  42.7  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2354  two component LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 236 aa  42.7  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3244  response regulator receiver protein  24.32 
 
 		 218 aa  42.7  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000568428  normal  0.332742 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8412  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.85 
 
 		 239 aa  42.4  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.87 
 
 		 932 aa  42.4  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0303  two component LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 214 aa  42.4  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 223 aa  42.4  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  24.41 
 
 		 236 aa  42.4  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  29.91 
 
 		 910 aa  42.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.66 
 
 		 236 aa  42  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 236 aa  42  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  26.14 
 
 		 218 aa  42  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1873  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.3 
 
 		 233 aa  42  0.009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.145213  normal  0.385799 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1109  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 		 218 aa  42  0.01  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3120  response regulator receiver  33.75 
 
 		 212 aa  42  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.230577  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1851  two component LuxR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 262 aa  42  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.467917  normal  0.53175 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  36.51 
 
 		 920 aa  42  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>